不通过农民工专用账户发放工资确实是严重的违法行为。这一结论主要基于《保障农民工工资支付条例》的相关规定，该条例自2020年5月1日起正式施行，明确要求施工总承包单位必须开设农民工工资专用账户，并专项用于支付该工程建设项目的农民工工资。
一、法律背景与具体要求
《保障农民工工资支付条例》的设立，旨在规范农民工工资的支付行为，确保农民工能够按时足额地获得应得的工资。根据条例第三十一条，施工总承包单位有明确的义务开设并使用农民工工资专用账户，这是保障农民工权益的重要法律措施。
二、对施工总承包单位的法律后果
如果施工总承包单位未按照规定使用农民工专户发放工资，将面临一系列严重的法律后果。首先，人力资源社会保障行政部门和相关行业工程建设主管部门会责令其限期改正。如果逾期不改正，项目将被责令停工，并处以5万元以上10万元以下的罚款。情节严重的，还可能受到限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等更严厉的处罚。
三、对农民工的影响
不通过农民工专用账户发放工资，对农民工的影响也是深远的。一方面，农民工的工资支付将缺乏保障，因为专户具有专款专用和资金监管的特点，能够确保工资不被挪用或截留。另一方面，如果工资发放未通过专户，工资支付的证据可能不清晰，给农民工维权带来困难，影响他们通过法律途径维护自己的合法权益。
四、实际案例与警示
以江苏省苏州市吴江区的某施工总承包单位为例，该单位因未使用农民工工资专用账户发放工资，被责令限期整改。然而，逾期未整改后，项目被停工，并被处以5万元的罚款。这一案例充分警示了未使用农民工工资专用账户的严重后果。
五、应对措施与建议
为了避免不必要的法律风险和经济损失，施工总承包单位应立即采取以下措施：
立即整改并补发工资：发现未使用农民工专户发放工资时，应立即停止违规行为，开设专户并补发未通过专户发放的工资。
规范工资支付流程：建立健全农民工工资支付管理制度，明确支付流程、标准和时间，确保工资支付的合法性和规范性。
加强内部管理和制度建设：完善内部管理制度，加强对财务和人事部门的监督，防止违规操作导致的工资发放问题。
积极配合监管部门：积极配合劳动保障行政部门的监管和检查，如实提供相关资料，接受审查和指导，认真执行整改意见。
综上所述，不通过农民工专用账户发放工资是严重的违法行为，不仅会对施工总承包单位造成严重的法律后果，还会影响农民工的合法权益。因此，各施工单位必须严格遵守《保障农民工工资支付条例》，确保农民工工资的按时足额支付。