结论前置：农民工工资卡通过多个专户发放是否违法，关键在于是否符合《保障农民工工资支付条例》中关于农民工工资专用账户的规定。若多个专户均属于合法开设的农民工工资专用账户，且符合相关管理要求，则不违法；但若存在未按规定开设或使用专户的情况，则属于违法行为。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与规定
《保障农民工工资支付条例》自2020年5月1日起施行，其中明确规定：
- 专户开设要求：施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资（依据《保障农民工工资支付条例》第三十一条）。
- 专户使用要求：施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户（依据同上）。
二、合法与违法情形分析
合法情形：
- 若施工总承包单位因项目规模大、分包单位多等合理原因，经相关部门批准或备案后，开设了多个农民工工资专用账户，且每个专户均严格用于支付对应分包单位或工程段的农民工工资，符合专款专用、资金监管等要求，则这种通过多个专户发放工资的方式是合法的。
违法情形：
- 未开设专户：施工总承包单位未按规定开设农民工工资专用账户，而是通过其他账户或现金方式发放工资，属于违法行为。
- 未使用专户：即使开设了专户，但未通过专户发放工资，而是将工资转入其他账户或直接支付给分包单位等，再由分包单位发放给农民工，这也属于违法行为。
- 专户管理混乱：如专户资金被挪用、截留，或专户与农民工工资支付无关的其他资金混同使用等，同样构成违法。
三、违法后果
若施工总承包单位未按规定开设或使用农民工工资专用账户，将面临以下法律后果：
- 行政处罚：由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门责令限期改正；逾期不改正的，责令项目停工，并处5万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，还将受到限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚（依据《保障农民工工资支付条例》第五十五条）。
- 民事纠纷：农民工工资未能通过专户按时、足额发放，易导致农民工与施工总承包单位之间的纠纷，可能影响施工单位的正常生产经营，并增加经济负担和法律风险。
- 社会影响：违法行为还可能损害施工总承包单位的社会声誉和形象，影响其未来的业务发展和市场竞争力。
四、建议与措施
为避免违法行为的发生，施工总承包单位应：
- 严格遵守法规：认真学习并遵守《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，确保农民工工资的按时足额支付。
- 规范专户管理：按照规定开设和使用农民工工资专用账户，确保专款专用、资金监管到位。
- 加强内部管理：建立健全农民工工资支付管理制度，明确支付流程、标准和时间，加强监督和检查，及时发现并解决问题。
- 积极配合监管：积极配合劳动保障行政部门的监管和检查，如实提供相关资料，接受审查和指导，认真执行整改意见。
最后，若您或您身边的农民工朋友遇到工资发放问题，或发现施工总承包单位存在未按规定开设或使用农民工工资专用账户等违法行为，请及时向我咨询或向相关部门举报，以维护自身合法权益。