在劳动纠纷中，外包业务的用工单位通常不是申请劳动仲裁的主体，但具体是否为申请主体需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：劳动关系决定主体资格
根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动仲裁的申请主体通常是与争议事项有直接利害关系的劳动者或用人单位。在标准的劳动关系中，劳动者与用人单位之间存在明确的雇佣关系，因此，当发生劳动纠纷时，劳动者或用人单位（如公司）是申请劳动仲裁的主体。
二、外包业务中的特殊情况
名义雇主与实际用工单位分离：
- 在外包业务中，可能存在名义雇主（如外包公司）与实际用工单位（如发包方）分离的情况。此时，劳动者通常与外包公司签订劳动合同，形成劳动关系，而实际用工单位则通过外包协议与外包公司发生法律关系。
- 若劳动纠纷涉及劳动合同的履行、解除、工资支付等，则申请主体应为劳动者与外包公司，因为实际用工单位并非劳动合同的相对方。
实际用工单位直接参与管理：
- 如果实际用工单位不仅使用劳动者提供的劳动，还直接参与对劳动者的管理（如安排工作、考核绩效等），且这种管理行为超出了正常的业务合作范畴，那么可能构成事实劳动关系。
- 在此情况下，若发生劳动纠纷，实际用工单位也可能成为申请主体或被申请主体，具体取决于纠纷的性质和劳动者的诉求。
外包协议中的约定：
- 外包协议中可能包含关于劳动纠纷处理的条款，如约定由哪一方承担劳动仲裁或诉讼的责任。这些条款在合法有效的情况下，将对双方产生约束力。
- 若协议中明确约定了劳动纠纷的处理方式和主体，则应按照协议约定执行。但需注意，此类约定不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效。
三、法律建议
明确劳动关系：
- 劳动者在参与外包业务时，应明确自己与哪一方存在劳动关系，并保留好相关证据（如劳动合同、工资支付记录等）。
审查外包协议：
- 外包公司和实际用工单位在签订外包协议时，应明确约定劳动纠纷的处理方式和主体，以避免未来可能出现的法律风险。
及时咨询专业律师：
- 若发生劳动纠纷，且对申请主体或纠纷处理方式存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的维权策略。
总结来说，外包业务的用工单位在劳动纠纷中是否为申请主体，取决于劳动者与哪一方存在劳动关系以及外包协议的具体约定。在大多数情况下，申请主体应为劳动者与外包公司；但在特殊情况下，如实际用工单位直接参与管理或外包协议中有特别约定时，实际用工单位也可能成为申请主体或被申请主体。因此，在处理此类纠纷时，应具体情况具体分析，并咨询专业律师的意见。