关于“两笔扣款担保和主体一起扣款是否合法”的问题，结论需要分情况讨论，具体如下：

1. 若担保合同中有明确约定：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保合同是主债权债务合同的从合同，其内容由当事人约定。如果担保合同中明确约定了在特定情况下，可以对担保人和债务人（即主体）同时进行扣款，且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种约定是有效的，一起扣款的行为也是合法的。
   • 实际操作建议：在签订担保合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于扣款、追偿等方面的约定，确保自己的权益得到充分保障。如果合同中有此类约定，且自己同意并签署了合同，那么就应当遵守合同约定。

2. 若担保合同中没有明确约定：

   • 合法性分析：在没有明确约定的情况下，债权人通常不能随意对担保人和债务人同时进行扣款。因为担保人的责任是在债务人不能履行债务时，按照约定承担担保责任，而不是与债务人共同承担债务。如果债权人未经担保人同意，擅自对担保人和债务人同时进行扣款，可能构成对担保人财产权的侵犯。
   • 实际操作建议：如果担保合同中没有明确约定一起扣款的情况，担保人在发现债权人擅自扣款时，应及时与债权人沟通，要求其停止不当行为，并可以寻求法律途径维护自己的合法权益。同时，债务人也应积极履行债务，避免给担保人带来不必要的麻烦。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 连带责任保证：如果担保合同中约定的是连带责任保证，那么债权人在债务到期未受清偿时，既可以要求债务人履行债务，也可以要求担保人在其保证范围内承担保证责任。在这种情况下，虽然合同可能没有明确约定一起扣款，但债权人有权选择向债务人或担保人追偿，甚至同时向两者追偿（如果法律允许且实际操作可行）。然而，这并不意味着债权人可以随意扣款，仍需遵循法定程序和合同约定。
   • 法定扣款情形：在某些特定情况下，如法院判决或仲裁裁决要求担保人和债务人共同承担债务，或者法律、行政法规另有规定时，债权人可能有权对担保人和债务人一起进行扣款。但这种情况较为特殊，需要具体分析相关法律法规和裁判文书的内容。

总结与建议：

• 在签订担保合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于扣款、追偿等方面的约定，确保自己的权益得到充分保障。
• 如果发现债权人擅自扣款或存在其他违法行为，应及时与债权人沟通并寻求法律途径维护自己的合法权益。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。