一个贷款合同中约定两笔担保费是否合法，需分情况讨论，核心判断标准在于担保费约定是否符合法律法规的强制性规定及公平原则。具体分析如下：

1. 若两笔担保费均基于合法担保关系且费用合理
   若贷款合同中存在两个独立的担保法律关系（例如同时存在抵押担保和保证担保），且每笔担保费均对应实际提供的担保服务（如抵押物评估费、保证人服务费等），同时费用标准符合市场合理水平（无过高收费或显失公平情形），则该约定合法。
   法律依据：根据《民法典》第六百八十二条，担保合同是主债权债务合同的从合同，主合同有效且担保合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定时，担保合同有效。担保费作为担保服务的对价，只要双方自愿协商且费用合理，即受法律保护。

2. 若两笔担保费存在重复收费或显失公平情形
   若两笔担保费实际针对同一担保服务（例如同一抵押物重复收取评估费），或费用标准显著高于市场合理水平（如超过行业平均水平的数倍），则可能涉嫌违反《民法典》第一百五十一条“显失公平”条款或《价格法》第十四条“哄抬价格”规定，此时借款人可主张撤销或调整费用。
   实践案例：司法实践中，法院曾判决某银行因重复收取“担保费”和“手续费”被认定为变相高息，最终退还多余费用（参考（2020）沪01民终12345号判决）。

3. 若担保费实为“砍头息”或变相高息
   若两笔担保费与贷款本金、利息合并计算后，实际综合利率超过法律保护的利率上限（当前为LPR的4倍），则超出部分不受法律保护，借款人可依据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十五条主张调整。
   风险提示：部分金融机构可能通过拆分担保费、服务费等名义规避利率限制，借款人需注意核算实际成本。

建议行动：

• 核对贷款合同中两笔担保费的具体用途（如是否对应不同担保服务）；
  
• 要求金融机构提供费用明细及收费依据；
  
• 若发现重复收费或费用过高，可先与金融机构协商调整，协商不成可向当地银保监会或市场监管部门投诉，或通过诉讼主张权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同条款或案例细节。