结论：网贷担保合同中，若一个公司负责签订合同而另一个公司进行扣款，这一行为是否违规，需根据具体情况判断，包括但不限于合同约定、公司间关系、扣款行为是否合法授权等。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合法约定：如果网贷担保合同中明确约定了由某个特定公司（非签订合同的公司）进行扣款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款行为是合法的。例如，合同中可能约定由第三方支付平台或关联公司进行扣款，以简化操作流程或提高效率。
   • 未约定或约定不明：如果合同中没有明确约定扣款公司，或者约定不明确，导致出现一个公司签订合同而另一个公司扣款的情况，这可能引发争议。此时，需要依据合同法的相关规定，结合双方的实际交易习惯、行业惯例等因素，来判断扣款行为的合法性。

2. 公司间关系角度：

   • 关联公司：如果签订合同的公司和扣款的公司是关联公司，且这种关联关系在合同中有所披露或双方均知晓，那么扣款行为可能被视为合法。但即便如此，也需确保扣款行为符合合同约定和法律法规的规定。
   • 非关联公司：如果签订合同的公司和扣款的公司之间没有关联关系，且合同中没有明确约定扣款公司，那么这种扣款行为可能涉嫌违规。因为扣款公司可能没有合法的授权或依据来进行扣款。

3. 扣款行为合法性角度：

   • 合法授权：无论签订合同的公司和扣款的公司之间是何种关系，扣款行为都必须基于合法的授权。这包括借款人的明确授权、合同中的约定授权或法律法规的授权等。如果没有合法的授权，扣款行为可能构成侵权或违法。
   • 扣款程序合规：即使扣款行为有合法的授权，也需确保扣款程序符合法律法规的规定。例如，扣款前应通知借款人、扣款金额应与合同约定一致、扣款时间应合理等。如果扣款程序存在瑕疵或违规，也可能引发法律纠纷。

法律建议：

• 对于借款人而言，在签订网贷担保合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于扣款公司的约定。如果合同中没有明确约定或约定不明，应及时与贷款方沟通并明确扣款公司。同时，应保留好相关证据，如合同、授权书、扣款记录等，以备不时之需。
• 对于贷款方或担保方而言，应确保扣款行为有合法的授权和依据，并严格按照合同约定和法律法规的规定进行操作。如果涉及关联公司或第三方支付平台进行扣款，应在合同中明确约定并披露相关信息，以避免引发不必要的法律纠纷。

可能法律后果：

• 如果扣款行为被认定为违规或违法，扣款公司可能面临返还扣款、赔偿损失等民事责任。同时，如果扣款行为涉嫌犯罪（如诈骗、盗窃等），扣款公司及其相关责任人员还可能面临刑事责任。

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