在员工申请工伤后，公司确实需要进行一系列的操作和配合，以确保工伤认定的顺利进行以及后续相关事宜的处理。以下是对公司在此过程中需要做的具体事项的详细解答：
一、工伤认定前的准备与配合
及时救治与报备：
- 员工发生工伤后，公司应立即安排人员协助受伤员工前往正规医院救治，并优先选择医保定点医院。
- 同时，公司需及时向当地的社保行政部门报告事故情况，并保留好与员工的沟通记录，如微信、电话录音等，作为后续处理的证据。
固定事故证据：
- 公司应安排人员排查事故原因，并保留事故记录，如现场的监控视频、照片、其他在场员工的证言等。
- 这些证据对于后续的工伤认定和可能的法律纠纷至关重要。
二、工伤认定申请
公司作为首选申请方：
- 根据《工伤保险条例》的规定，公司应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 如果公司未在规定时限内提交申请，那么在此期间发生的符合工伤待遇等有关费用将由公司负担。
配合调查核实：
- 社会保险行政部门受理工伤认定申请后，可能会对事故伤害进行调查核实。
- 公司应予以积极配合，提供必要的资料和协助，如事故现场的照片、视频、员工证言等。
举证责任：
- 如果员工或其近亲属认为是工伤，而公司不认为是工伤的，那么由公司承担举证责任。
- 公司需要提供充分的证据来证明其观点，否则可能面临不利的法律后果。
三、后续配合与处理
劳动能力鉴定申请：
- 如果员工经治疗伤情相对稳定后存在残疾、影响劳动能力的，或者停工留薪期满后，公司应及时向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出劳动能力鉴定申请。
- 公司需提供工伤认定决定和职工工伤医疗的有关资料。
配合劳动能力鉴定：
- 在劳动能力鉴定过程中，公司应如实提供鉴定需要的材料，并遵守劳动能力鉴定相关规定。
- 公司需按照要求配合劳动能力鉴定工作，确保鉴定的公正性和准确性。
支付相关费用与待遇：
- 根据《工伤保险条例》的规定，公司需支付按规定应由单位支付的有关费用和工伤职工待遇。
- 这包括停工留薪期内的原工资福利待遇、生活不能自理的工伤职工的护理费用、以及一次性伤残就业补助金等。
四、其他注意事项
- 公示工伤保险情况：公司应将参加工伤保险的有关情况在本单位内公示，以增强员工的知情权和保障其合法权益。
- 遵守安全生产和职业病防治法规：公司应遵守有关安全生产和职业病防治的法律法规，预防工伤事故发生，减少和避免职业病的危害。
综上所述，员工申请工伤后，公司需要进行一系列的操作和配合，包括及时救治与报备、固定事故证据、提出工伤认定申请、配合调查核实、提出劳动能力鉴定申请、配合劳动能力鉴定以及支付相关费用与待遇等。公司应严格按照相关法律法规的规定行事，以确保工伤认定的顺利进行以及后续相关事宜的妥善处理。