面对董事长侵占公司利益的情况，公司应采取一系列综合措施来维护自身权益，包括内部处理、民事追诉、刑事报案以及加强公司治理等。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：

一、内部处理措施

1. 召开股东（大）会或董事会

   • 程序与条件：依据公司章程规定，由符合条件的股东或董事提议召开会议，对董事长侵占行为进行讨论和表决。
   • 处理决议：会议可作出要求董事长返还侵占利益、处分其职务等决议。这是公司内部自治的重要体现，有助于迅速应对侵占行为。

2. 启动内部审计与调查

   • 目的与行动：由内部审计部门或外部审计机构进行全面审计，明确侵占的具体情况，包括侵占的金额、方式、时间等，为后续处理提供确凿证据。
   • 记录与报告：审计结果应详细记录，并形成书面报告，作为追究董事长责任的重要依据。

3. 与董事长沟通

   • 尝试协商：在采取进一步法律行动前，可尝试与董事长沟通，了解其侵占的动机和背景，探讨协商解决的可能性。
   • 改正机会：若董事长愿意改正并承担责任，公司可考虑给予其改正机会，但应设定明确的改正期限和条件。

二、民事追诉途径

1. 要求返还利益及赔偿损失

   • 法律依据：根据《民法典》及《公司法》的相关规定，董事长侵占公司利益构成不当得利，公司有权要求其返还侵占的利益，并赔偿因此给公司造成的损失。
   • 诉讼流程：公司作为原告提起民事诉讼，提供审计报告、财务账目、银行记录等证据证明侵占事实，要求法院判决董事长返还侵占利益并赔偿损失。

2. 股东代表诉讼

   • 适用条件：当监事会或监事拒绝提起诉讼，或情况紧急时，符合条件的股东可提起股东代表诉讼，代表公司追究董事长的责任。
   • 股东资格：有限责任公司股东、股份有限公司连续持股一定比例（如1%以上）的股东可提起此诉讼。这有助于保护中小股东的利益，防止大股东或董事长滥用职权。

三、刑事报案与司法配合

1. 向公安机关报案

   • 罪名适用：董事长侵占行为可能涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪，依据《刑法》的相关规定进行报案。职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为；挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
   • 报案材料：准备公司营业执照、财务报表、交易记录、审计报告等证据材料，向公安机关报案，并详细陈述董事长的侵占行为及造成的损失。

2. 配合司法机关调查

   • 积极协助：在刑事诉讼过程中，公司及相关人员应积极配合公安机关、检察机关的调查工作，提供必要的证据和信息。
   • 刑事责任：一旦犯罪嫌疑人被认定有罪，将承担刑事责任，公司可通过刑事附带民事诉讼追回被侵占的利益，并获得相应的赔偿。

四、加强公司治理与预防措施

1. 完善治理结构

   • 强化监督：加强内部审计和监督机制，确保公司财务透明，防止类似事件再次发生。可以设立独立的审计委员会或聘请外部审计机构进行定期审计。
   • 提高透明度：提升董事会的决策能力和透明度，建立有效的激励机制和约束机制，确保董事和高管的行为符合公司和股东的利益。

2. 收集与保留证据

   • 重要性：在日常经营中，注意收集并妥善保存财务记录、交易凭证等关键证据，以备不时之需。这些证据在后续的法律程序中可能起到至关重要的作用。
   • 合法性：确保所收集证据的合法性和有效性，避免使用非法手段获取证据，以免影响证据的证明力。

3. 持续教育与培训

   • 法律意识：加强对公司高管及员工的法制教育，提高其法律意识和风险防范能力。可以定期组织法律培训或邀请法律专家进行讲座，增强员工的法律素养。

综上所述，面对董事长侵占公司利益的情况，公司应迅速采取行动，通过内部处理、民事追诉、刑事报案以及加强公司治理等综合措施来维护自身权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。