针对董事长职务侵占公司利益的情况，公司可通过刑事报案、民事诉讼及内部治理三方面法律途径追回损失，具体操作需结合证据充分性、侵占方式及公司章程等综合判断。以下是具体分析：

一、刑事报案：追究董事长职务侵占罪的刑事责任

若董事长利用职务便利，将公司财物非法占为己有，数额较大（通常6万元以上），可能构成《刑法》第271条规定的职务侵占罪。操作步骤如下：

1. 收集证据：包括财务凭证（如转账记录、报销单据）、合同协议、公司章程、董事会决议、证人证言（如财务人员、其他董事的证言）等，证明董事长存在侵占行为及具体金额。
2. 向公安机关报案：公司作为被害人可向公司所在地或犯罪行为发生地的公安机关经侦部门报案，提交证据材料及书面报案材料。
3. 配合刑事侦查：公安机关立案后，公司需配合调查，如提供账目、协助询问证人等。若证据充分，董事长可能被刑事拘留、逮捕并最终判刑，同时法院会责令退赔公司损失。

注意：若董事长侵占的是股东个人财产（如通过虚假增资稀释其他股东股权），则可能构成其他罪名（如诈骗罪），需根据具体行为定性。

二、民事诉讼：要求董事长返还财产并赔偿损失

若刑事程序未启动或公司希望直接通过民事途径解决，可提起损害公司利益责任纠纷之诉。操作要点如下：

1. 明确诉讼请求：要求董事长返还被侵占的财产（如资金、资产），并赔偿因侵占行为导致的公司损失（如利息、机会成本等）。
2. 证据准备：与刑事报案类似，需证明董事长存在侵权行为、公司遭受损失及两者间的因果关系。若公司内部有监事会或独立董事，可由其代表公司起诉；若未设立，符合条件的股东可提起股东代表诉讼（需履行前置程序，如先书面请求监事会起诉）。
3. 诉讼程序：向公司住所地法院起诉，法院审理后若认定董事长侵权，会判决其返还财产并赔偿损失。若董事长拒不履行，可申请强制执行。

三、内部治理：通过公司章程或股东会决议追责

若董事长行为违反公司章程或股东会决议，公司可通过内部程序追责。具体方式包括：

1. 召开股东会或董事会：根据章程规定，罢免董事长职务，并要求其返还侵占财产。
2. 修改公司章程：明确董事的忠实义务及侵占公司利益的赔偿责任，为后续追责提供制度依据。
3. 行使股东知情权：若董事长拒绝配合，股东可查阅公司账目，收集侵占证据，为刑事报案或民事诉讼做准备。

补充建议：预防与风险控制

1. 完善公司治理结构：设立监事会或独立董事，加强对董事行为的监督。
2. 定期审计：委托第三方机构对公司财务进行审计，及时发现并制止侵占行为。
3. 签订承诺协议：要求董事签署《忠实义务承诺书》，明确侵占公司利益的违约责任。

若公司已遭受损失，建议优先通过刑事报案追究董事长刑事责任（刑事程序对证据要求较高，但退赔力度大），同时并行提起民事诉讼确保损失全额追回。具体操作中需根据案件细节调整策略，如有疑问可直接向我咨询。