面对公司董事长侵占公司财产这一严重问题，我们需要采取一系列综合且有序的措施来应对。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、内部紧急处理与调查
立即启动内部调查：
- 公司应迅速组织内部审计部门或聘请外部审计机构，对董事长的财务行为进行全面审计，以明确侵占的具体事实、金额及时间等关键信息。
- 审计过程中，应确保所有财务记录、交易凭证等关键证据的完整性和真实性，为后续处理提供坚实基础。
召开紧急股东（大）会或董事会：
- 依据公司章程，紧急召集股东（大）会或董事会，对董事长的侵占行为进行讨论和表决。
- 会议中，应详细通报审计结果，并作出要求董事长立即返还资金、暂停其职务或采取其他必要措施的决议。
二、民事追诉与法律救济
提起民事诉讼：
- 公司作为原告，可依据《民法典》及《公司法》的相关规定，向法院提起民事诉讼，要求董事长返还被侵占的资金，并赔偿因此给公司造成的损失。
- 诉讼过程中，应提供充分的证据证明董事长的侵占行为，如财务账目、银行记录、审计报告等。
考虑股东代表诉讼：
- 若监事会或监事拒绝提起诉讼，或情况紧急，符合条件的股东可提起股东代表诉讼，代表公司追究董事长的法律责任。
- 股东代表诉讼的提起需满足一定的股东资格条件，如有限责任公司股东、股份有限公司连续持股一定比例的股东等。
三、刑事报案与司法配合
向公安机关报案：
- 董事长的侵占行为可能涉嫌职务侵占罪或挪用资金罪，公司应依据《刑法》的相关规定，向公安机关报案。
- 报案时，应准备充分的证据材料，如公司营业执照、财务报表、交易记录、审计报告等，以证明董事长的犯罪行为。
积极配合司法机关调查：
- 在刑事诉讼过程中，公司及相关人员应积极配合公安机关、检察机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
- 若董事长被认定有罪，将承担刑事责任，公司可通过刑事附带民事诉讼追回被侵占的资金。
四、加强公司治理与预防措施
完善公司治理结构：
- 加强内部审计和监督机制，确保公司财务的透明度和合规性。
- 提升董事会的决策能力和透明度，建立有效的激励机制和约束机制，防止类似事件再次发生。
持续收集与保留证据：
- 在日常经营中，公司应注重收集并妥善保存财务记录、交易凭证等关键证据，以备不时之需。
- 确保所收集证据的合法性和有效性，以便在需要时能够迅速提供给司法机关。
加强法制教育与培训：
- 定期对公司高管及员工进行法制教育，提高其法律意识和风险防范能力。
- 通过培训、讲座等形式，增强员工对职务侵占等违法行为的认知和警惕性。
综上所述，处理公司董事长侵占公司财产的问题需要综合运用内部处理、民事追诉、刑事报案及加强公司治理等多种手段。通过全面而有序的法律行动，我们不仅能够有效追回被侵占的资金，还能维护公司的声誉和利益，同时预防类似事件的再次发生。在整个过程中，务必保持冷静和理智，确保所有行动合法合规，并寻求专业律师的法律支持。