当总经理损害公司利益时，公司及相关主体可以采取一系列措施来维护公司权益。以下是一些详细的建议：
一、明确法律依据
首先，根据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，总经理作为公司的高级管理人员，应当遵守法律、行政法规和公司章程，对公司负有忠实义务和勤勉义务。若总经理利用职务之便损害公司利益，将需承担相应的法律责任，这包括但不限于赔偿损失、返还财产等民事责任，甚至可能面临刑事处罚。
二、具体应对措施
收集证据：
- 保留与总经理损害行为相关的所有文件、邮件、聊天记录等证据。
- 确保所收集证据的合法性和有效性，为后续的法律行动提供坚实支持。
内部沟通与协商：
- 与其他股东或董事会成员进行沟通，共同商讨应对方案。
- 尝试通过协商方式解决争议，以避免矛盾进一步激化。
法律途径：
- 提起股东代表诉讼：若公司怠于追究总经理的责任，符合条件的股东可以书面请求监事会（或不设监事会的有限责任公司的监事）向人民法院提起诉讼。若监事会或监事未采取行动，股东有权以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
- 向公安机关报案：若总经理的行为涉嫌犯罪，如职务侵占、挪用资金等，公司或股东应及时向公安机关报案，并配合调查工作。
解除职务与追责：
- 根据公司章程或相关法律法规，通过合法程序解除总经理的职务。
- 要求总经理承担因其损害行为给公司造成的全部损失赔偿责任。
加强公司治理：
- 完善公司内部监督机制，确保管理层行为的透明度和合规性。
- 提高管理层的法律意识和职业道德水平，预防类似事件再次发生。
三、注意事项
- 遵循法定程序：在处理此类问题时，必须严格遵守相关法律法规规定的程序和条件，确保所有行动的合法性。
- 保护公司利益：在采取任何行动之前，应充分考虑公司的整体利益和长远发展，避免因处理不当而给公司带来更大的损失或负面影响。
- 寻求专业支持：如有需要，应及时咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保处理方案的合理性和有效性。他们可以提供专业的法律建议和指导，帮助公司更好地应对这一复杂情况。
综上所述，当总经理损害公司利益时，公司应明确法律依据、采取具体应对措施，并注意遵循法定程序、保护公司利益和寻求专业支持。这样才能有效地维护公司的权益和长远发展。