当遇到总经理超越职权并损害公司利益的情况时，公司及相关主体需要采取一系列严谨且有效的措施来维护公司的权益。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：
一、明确法律依据与责任
首先，要明确的是，根据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，董事、监事、高级管理人员（这自然包括总经理）都应当严格遵守法律、行政法规以及公司章程的规定，对公司负有忠实义务和勤勉义务。如果总经理利用职务之便损害了公司利益，那么他必须承担相应的法律责任，这包括但不限于赔偿损失、返还财产等民事责任，甚至在情节严重的情况下，还可能面临刑事处罚。
二、采取具体应对措施
收集证据：
- 这是至关重要的一步。您需要保留所有能够证明总经理损害行为的文件、邮件、聊天记录等证据。
- 确保证据的合法性和有效性，因为这些证据将是后续法律行动的重要支撑。
内部沟通：
- 与其他股东或董事会成员进行及时沟通，共同商讨应对方案。
- 如果可能的话，尝试通过协商方式解决争议，以避免矛盾进一步激化。
提起股东代表诉讼：
- 如果公司怠于追究总经理的责任，那么符合条件的股东可以书面请求监事会或不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼。
- 如果监事会或监事拒绝提起诉讼，或者在自收到请求之日起三十日内未提起诉讼，那么股东有权为了公司的利益以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
向公安机关报案：
- 如果总经理的行为涉嫌犯罪，如职务侵占罪、挪用资金罪等，那么公司或股东应及时向公安机关报案。
- 配合公安机关的调查工作，提供必要的证据和信息，以协助案件的侦破。
解除职务并追责：
- 根据公司章程或相关法律法规的规定，通过合法程序解除总经理的职务。
- 要求总经理承担因其损害行为给公司造成的损失赔偿责任，这是维护公司权益的重要一环。
加强公司治理：
- 完善公司内部监督机制，防止类似事件再次发生。这包括建立健全的内部控制制度、加强审计监督等。
- 提高管理层的法律意识和职业道德水平，确保公司运营的合规性和稳健性。
三、注意事项
- 遵循法定程序：在处理此类问题时，必须严格遵循相关法律法规规定的程序和条件，确保所有行动的合法性。
- 保护公司利益：在采取任何行动之前，应充分考虑公司的整体利益和长远发展，避免因处理不当而给公司带来更大的损失。
- 寻求专业支持：如果情况复杂或涉及法律专业知识较多，建议咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保处理方案的合理性和有效性。
综上所述，面对总经理超越职权损害公司利益的情况，公司及相关主体需要采取一系列严谨且有效的措施来维护公司的权益。希望这些建议能够对您有所帮助。