当企业因负责人职务侵占而遭受损失时，可以采取以下一系列措施来应对和处理：
一、及时报案与协助侦查
向公安机关报案：一旦发现负责人存在职务侵占行为，企业应立即向当地公安机关报案，并提供相关证据材料，如侵占行为的记录、资金流向、合同文件等，以协助公安机关尽快立案侦查。
配合侦查工作：在侦查过程中，企业应积极配合公安机关的工作，提供必要的协助和信息，确保侦查工作的顺利进行。
二、通过刑事程序追究责任
追究刑事责任：职务侵占罪属于公诉案件，由公安机关负责侦查、检察院提起公诉。一旦犯罪嫌疑人被确认有罪，将面临相应的刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
附带民事诉讼：在刑事诉讼过程中，企业可以通过附带民事诉讼的方式，要求犯罪嫌疑人返还被侵占的财物，并赔偿因其犯罪行为给企业造成的经济损失，如直接的财产损失、因资金短缺导致的经营损失等。
三、考虑退赃退赔情节
主动退赃退赔：如果犯罪嫌疑人主动退赃退赔，这可以作为量刑情节予以考虑，可能对其从轻或减轻处罚。
企业接收退赔：企业应积极接收退赔的财物，并核实其真实性和完整性，以确保企业的损失得到最大程度的弥补。
四、民事诉讼补充赔偿
另行提起民事诉讼：如果刑事程序结束后，企业仍有损失未获弥补，可以另行提起民事诉讼，主张民事赔偿。在民事诉讼中，企业可以要求犯罪嫌疑人或相关责任方赔偿剩余的经济损失。
准备充分证据：在提起民事诉讼前，企业应准备充分的证据材料，以证明其损失的存在和数额，以及犯罪嫌疑人或相关责任方的过错和责任。
五、加强内部监督与预防
建立健全内部监督机制：企业应建立健全内部监督机制，加强对员工职务行为的监管，定期审计财务，及时发现和纠正潜在的职务侵占行为。
提高员工法律意识：通过培训和教育等方式，提高员工的法律意识和职业道德水平，减少职务侵占行为的发生。
六、关注后续经营与财务重建
弥补经营困境：企业因职务侵占行为导致的经营困境，应通过追回侵占财物、调整经营策略等方式进行弥补，确保企业的正常运营。
财务重建与规划：在损失得到弥补后，企业应进行财务重建和规划，确保企业的财务状况稳健和可持续发展。
综上所述，当企业因负责人职务侵占而遭受损失时，应通过及时报案、刑事程序追究责任、考虑退赃退赔情节、民事诉讼补充赔偿、加强内部监督与预防以及关注后续经营与财务重建等措施来应对和处理。这些措施将有助于企业最大程度地挽回损失，并维护企业的合法权益和稳定发展。