项目部施工员的工资是否通过农民工专户发放，这主要取决于施工员与项目部之间的劳动关系性质以及当地的具体政策规定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 劳动关系性质：

   • 如果施工员与项目部之间建立了正式的劳动关系，即签订了劳动合同，并明确了工资支付方式、时间等条款，那么工资的发放方式应遵循劳动合同的约定。在这种情况下，如果劳动合同中并未特别规定工资需通过农民工专户发放，则项目部无需通过该专户发放工资。
   • 然而，如果施工员被视为农民工（通常指从事建筑、搬运等体力劳动的农村户籍劳动者），且当地政策要求农民工工资必须通过专户发放，以保障农民工的合法权益，那么项目部就需要按照政策要求，通过农民工专户发放施工员的工资。

2. 当地政策规定：

   • 不同地区对于农民工工资的支付方式可能有不同的规定。一些地区可能明确要求农民工工资必须通过专户发放，以确保工资能够按时、足额支付给农民工，防止拖欠工资现象的发生。
   • 因此，项目部在发放施工员工资时，需要了解并遵守当地的相关政策规定。如果当地政策要求通过农民工专户发放工资，那么项目部就必须按照这一要求执行。

3. 实际操作建议：

   • 对于项目部而言，为了避免因工资发放问题引发的法律纠纷和劳动争议，建议在与施工员签订劳动合同时，明确工资支付方式、时间等条款，并确保这些条款符合当地政策规定。
   • 如果当地政策要求农民工工资必须通过专户发放，项目部应积极与相关部门沟通协调，确保工资能够按时、足额通过专户发放给施工员。
   • 同时，项目部也应加强对工资发放情况的监督和管理，确保工资发放的透明度和公正性。

总结来说，项目部施工员的工资是否通过农民工专户发放，取决于施工员与项目部之间的劳动关系性质以及当地的具体政策规定。如果施工员被视为农民工且当地政策要求通过专户发放工资，那么项目部就必须按照这一要求执行。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。