结论前置：针对您提出的“补办施工证需要开农民工工资专户，但项目已结束且工人工资都已发放”的情况，您可以根据实际情况选择与相关部门沟通说明、提供工资发放证明或咨询专业法律意见等途径来解决。
详细分析：
与相关部门沟通说明：
- 首先，您可以主动与负责补办施工证的相关部门（如住建部门或劳动监察部门）进行沟通，详细说明项目已经结束且所有工人工资都已发放完毕的情况。
- 提供项目结束的相关证明文件，如竣工验收报告、项目结算单等，以及工人工资发放的凭证，如工资表、银行转账记录等，以证明您的陈述。
- 询问是否可以在不开设农民工工资专户的情况下完成施工证的补办手续，或者是否有其他替代方案。
提供工资发放证明：
- 如果相关部门坚持要求开设农民工工资专户，您可以考虑提供详细的工资发放证明来替代。
- 这些证明应包括所有工人的姓名、身份证号、工资数额、发放时间等信息，并附有银行转账记录或工人签收的工资条等作为佐证。
- 通过这些证明，您可以向相关部门展示您已经履行了支付工人工资的义务，从而可能获得补办施工证的豁免或简化手续。
咨询专业法律意见：
- 如果您在与相关部门的沟通中遇到困难或无法达成一致，可以考虑咨询专业的法律意见。
- 律师可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供针对性的法律建议和解决方案。
- 律师还可以协助您与相关部门进行协商或提起行政复议等法律程序，以维护您的合法权益。
法律背景与建议：
- 根据相关法律法规，开设农民工工资专户的目的是为了保障农民工的工资权益，防止拖欠工资现象的发生。然而，在项目已经结束且所有工人工资都已发放完毕的情况下，这一要求可能显得不再必要。
- 因此，您可以根据实际情况和法律法规的要求，与相关部门进行沟通并寻求合理的解决方案。在沟通过程中，保持诚实、透明和合作的态度是非常重要的。
可能的法律后果：
- 如果您未能按照相关部门的要求开设农民工工资专户或提供其他必要的证明文件，可能会导致施工证补办手续的延误或无法完成。
- 在极端情况下，如果相关部门认为您存在违法行为或违规操作，可能会对您进行行政处罚或采取其他法律措施。因此，建议您积极与相关部门沟通并寻求合理的解决方案。
进一步思考：
- 在未来的项目中，您可以提前了解并遵守相关法律法规的要求，包括开设农民工工资专户等规定，以避免类似问题的发生。
- 同时，您也可以考虑与相关部门建立良好的沟通机制，及时了解政策变化和要求调整，以确保项目的顺利进行和合法合规。
如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请随时向我咨询。