结论：合同工期超过3个月但实际工期不足三个月，是否需要办理农民工工资专户，需分情况讨论，具体如下：

1. 以合同约定工期为准
   根据《保障农民工工资支付条例》第二十六条，施工总承包单位应当开设农民工工资专用账户的情形包括：

   • 施工合同额超过3000万元；
     
   • 工期超过3个月（无论实际工期是否缩短）。
     若合同明确约定工期超过3个月，即使实际工期因故缩短（如提前竣工、停工等），仍需按法规要求开设专户，以确保工资支付合规性。未开设可能面临行政处罚（如责令限期改正、罚款等）。

2. 实际工期不足3个月的例外情形
   若合同工期虽约定超过3个月，但存在以下情况，可与劳动保障行政部门沟通协商是否豁免：

   • 合同未实际履行：如项目未开工即终止，或开工后短期内因不可抗力（如政策调整、自然灾害）完全停工；
     
   • 工资支付方式已替代：如通过现金、个人账户等方式已足额支付农民工工资，且能提供完整支付凭证（需经农民工签字确认）。
     但需注意：此类豁免需以行政部门的书面认可为准，否则仍建议开设专户以规避风险。

3. 实务建议

   • 优先合规：若合同工期超过3个月，即使预计实际工期较短，也建议按法规开设专户，避免后续纠纷或处罚；
     
   • 动态管理：若实际工期确因合理原因缩短，可及时注销专户（需按当地规定办理注销手续），并留存工资支付记录备查；
     
   • 合同条款优化：在签订施工合同时，可明确约定工期变更时专户的处理方式（如提前终止的注销流程），减少后续争议。

总结：法规以合同工期为判断标准，而非实际工期。为确保合规，建议按合同约定开设专户；若存在特殊情形，需主动与行政部门沟通并留存证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。