结论：公司因员工持有中级消控证离职而扣钱的行为，一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
从劳动合同及公司规章制度角度
- 若劳动合同或公司规章制度无相关规定：
- 劳动合同是明确用人单位和劳动者权利义务的重要文件。如果劳动合同中没有约定员工离职时，公司可以因其中级消控证而扣钱，那么公司扣钱的行为就缺乏合同依据。
- 公司规章制度是公司内部的管理规范，但同样需要合法合理且经过民主程序制定，并向员工公示。若公司规章制度中没有关于员工离职时因持有中级消控证扣钱的规定，公司以此为由扣钱也是不合法的。例如，小张与公司签订的劳动合同中，没有提及离职时因中级消控证扣钱的事项，公司规章制度里也没有相关规定，那么公司扣小张的钱就属于违法行为。
- 若劳动合同或公司规章制度有相关规定，但规定违法：
- 即使劳动合同或公司规章制度中有关于员工离职时因中级消控证扣钱的规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定，也是无效的。比如，公司规定员工离职时，无论何种原因都要扣除因中级消控证获得的补贴，且扣除金额超过了员工当月工资的20%，这就违反了《工资支付暂行规定》中关于工资扣除比例的规定，该规定无效，公司不能据此扣钱。
从工资支付及扣除的法律规定角度
- 工资扣除的法定情形：
- 根据相关法律规定，用人单位不得随意扣除劳动者工资。只有在法定情形下，如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 员工持有中级消控证离职，并不属于上述法定可以扣除工资的情形。公司不能仅仅因为员工持有该证书离职就扣钱。例如，小李持有中级消控证从公司离职，公司没有证据证明小李给公司造成了经济损失，却以小李持有该证书为由扣钱，这是不符合法律规定的。
- 证书与工资的关系：
- 如果公司是因为员工持有中级消控证而给予了相应的补贴或提高了工资待遇，在员工离职时，公司也不能随意扣除这部分费用。除非双方在劳动合同中有明确约定，且约定不违反法律法规。比如，公司和小王在劳动合同中约定，小王持有中级消控证，公司每月额外支付500元补贴，若小王离职，需根据在公司的工作年限按比例返还补贴。这种约定在不违反法律法规的情况下是有效的，但如果公司直接全额扣除补贴，就可能违反约定和法律规定。
维权建议
如果公司存在因你持有中级消控证离职而扣钱的不合法行为，你可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与公司协商：首先可以尝试与公司进行友好协商，向公司说明其行为的不合法性，要求公司返还被扣除的钱款。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对公司的违法行为进行调查处理。
- 申请劳动仲裁：你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径解决纠纷，维护自己的合法权益。
如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的疑问，或者在其他法律领域有问题，都可以直接向我咨询。