协商离职时，年假的补偿并非一定按照三倍工资计算，而是需根据具体情况来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、年假补偿的一般原则
根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。若单位因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假，但对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。然而，这一规定主要适用于在职期间因单位原因未休年假的情况。
二、协商离职时的年假补偿
双方协商确定：
- 在协商离职的情况下，年假的补偿方式可以由双方协商确定。如果双方达成一致，可以按照协商的结果来支付年假补偿，这并不一定局限于三倍工资。
参照法律规定：
- 如果双方无法就年假补偿达成一致，可以参照《职工带薪年休假条例》的规定。但需要注意的是，该条例主要规范的是在职期间的年假补偿，对于离职时的年假补偿，法律并未明确规定必须按照三倍工资计算。
- 在实际操作中，如果职工在离职前未休完年假，且离职是由于单位原因或双方协商一致导致的，单位可能会根据职工的实际工作情况和未休年假的天数，给予一定的经济补偿。这种补偿可能高于正常工资，但不一定达到三倍。
考虑单位规章制度：
- 有些单位可能在规章制度中明确规定了离职时年假的补偿方式。如果单位的规章制度中有相关规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照规章制度来执行。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 职工在离职前应保留好与年假相关的证据，如年假申请记录、单位未安排休假的通知等，以便在需要时维护自己的合法权益。
协商沟通：
- 在协商离职时，职工应与单位就年假补偿问题进行充分沟通，尽量达成一致意见。如果无法达成一致，可以寻求劳动争议调解或仲裁机构的帮助。
了解法律法规：
- 职工应了解相关的法律法规和政策规定，以便在协商离职时能够维护自己的合法权益。如果对法律法规不了解，可以向专业律师咨询。
总结来说，协商离职时年假的补偿并非一定按照三倍工资计算，而是需根据双方协商、法律规定以及单位规章制度等多种因素来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。