综合工时制下工资的计算，主要依据实际出勤工时与法定标准工时的对比，结合加班情况来确定。具体来说，可以从以下几个方面来详细阐述：
基本工资计算：
- 在综合工时制下，员工的基本工资通常是按照其与用人单位约定的固定工资标准来支付的，这部分工资不受实际工作小时数的影响（但需保证不低于当地最低工资标准）。
加班工资计算：
- 工作日加班：如果在一个综合计算周期内，员工的实际工作小时数超过了法定标准工作小时数（如月标准工时为176小时，具体根据当地规定），那么超出部分应视为加班，并按照不低于员工本人小时工资标准的150%支付加班工资。
- 休息日加班：在综合工时制下，休息日加班的处理与标准工时制有所不同。如果员工在休息日工作，但整个综合计算周期内的总工时未超过法定标准，则通常不视为加班，无需支付加班工资。然而，如果整个周期内的总工时超过了法定标准，且休息日的工作小时数也计入了总工时，那么超出部分仍应按150%的标准支付加班工资。但实际操作中，更常见的是将休息日加班纳入整个周期的加班工时中统一计算。
- 法定节假日加班：无论综合工时制下的总工时是否超标，员工在法定节假日工作的，都应按照不低于员工本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
综合计算周期：
- 综合工时制的一个关键特点是其综合计算周期，这可以是周、月、季或年。在计算工资时，必须明确当前所处的综合计算周期，以及该周期内的法定标准工时数。
具体计算示例：
- 假设某员工实行以月为周期的综合工时制，月标准工时为176小时，小时工资标准为20元。
- 若该员工某月实际工作200小时，其中包含4小时法定节假日工作，则：
- 基本工资：按约定支付，不受影响。
- 加班工资：法定节假日4小时按300%计算，即4小时 × 20元/小时 × 3 = 240元；其余16小时（200-176-4）按150%计算，即16小时 × 20元/小时 × 1.5 = 480元。总加班工资为720元。
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