结论前置：公司停业整改期间，员工是否有工资取决于停业整改的时间长度以及员工是否提供了正常劳动，同时需遵循当地的具体规定。

详细分析：

1. 停业整改在一个工资支付周期内：

   • 法规依据：根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。
   • 具体解释：工资支付周期通常为一个月。若公司因自身原因停业整改，且时间不超过一个月，则需按照劳动合同中约定的工资标准全额支付员工工资。
   • 实例说明：例如，员工与公司签订的劳动合同约定月工资为6000元，公司因市场原因停业整改20天，则公司应全额支付员工该月6000元的工资。

2. 停业整改超过一个工资支付周期：

   • 劳动者提供正常劳动：
     • 法规依据：若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准。
     • 具体解释：当公司停业整改时间超过一个月，但员工仍按公司要求提供了正常劳动，公司支付的工资不得低于当地最低工资标准。
     • 实例说明：例如，员工所在地区最低工资标准为每月2200元，公司停业整改两个月，第二个月员工正常上班，则公司支付给员工的工资不得低于2200元。
   • 劳动者未提供正常劳动：
     • 法规依据：各地对于这种情况的规定有所不同，但大部分地区要求公司支付一定比例的生活费。
     • 具体解释：若员工未提供正常劳动，公司应根据当地规定支付生活费，具体标准可能因地区而异。例如，有的地区可能规定支付不低于当地最低工资标准的70%或80%作为生活费。
     • 实例说明：以北京为例，若公司停业整改超过一个月且未安排员工工作，则应按照不低于本市最低工资标准的70%支付基本生活费。若北京最低工资标准为2420元/月，则公司应支付的生活费至少为1694元/月。

3. 特殊情况：

   • 公司规章制度：部分公司可能在规章制度中规定，即使因停业整改导致员工停工，也会支付部分工资或基本工资作为对员工的基本生活保障。
   • 协商与约定：公司和员工之间也可以通过协商，就停业整改期间的工资支付问题达成特别约定。

法律建议：

• 公司方面：公司应严格按照相关法律法规支付员工工资或生活费，避免构成“以其他方法迫使劳动者提出解除劳动合同”的情形。同时，建议公司在制定规章制度时，充分考虑员工的权益保障，确保规章制度的合法性和合理性。
• 员工方面：员工应了解所在地区的具体规定或咨询专业律师（即向我咨询），以确保自身权益得到妥善保护。若公司未按规定支付工资，员工可首先与公司协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身合法权益。

总结：公司停业整改期间，员工是否有工资取决于多种因素，包括停业整改的时间长度、员工是否提供了正常劳动以及当地的具体规定等。因此，在处理此类问题时，公司和员工都应充分了解相关法律法规和当地政策，以确保双方的权益得到妥善保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。