结论：公司是否可以不让员工打卡水印拍照，这并非一个简单的“可以”或“不可以”的问题，而是需要依据公司的具体规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规来综合判断。
分析角度一：公司规章制度与劳动合同
公司自主管理权：公司有权根据自身的经营需要和管理要求，制定相应的规章制度。如果公司的规章制度中明确规定了员工打卡的方式（如不采用水印拍照方式），并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不损害员工的合法权益，那么公司是可以这样规定的。
劳动合同约定：劳动合同是员工与公司之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了员工的打卡方式，那么双方都应当按照劳动合同的约定来履行。如果公司想要改变打卡方式，需要与员工协商一致，并修改劳动合同的相关条款。
分析角度二：相关法律法规
劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有完成劳动任务的义务，同时也有获得劳动报酬、休息休假等权利。打卡作为公司管理员工出勤的一种方式，应当合理、合法，并且不得侵犯员工的合法权益。如果公司强制要求员工采用某种特定的打卡方式（如水印拍照），而这种方式可能侵犯员工的隐私权或其他合法权益，那么这种规定可能是不合法的。
隐私权保护：员工的个人隐私权受法律保护。如果公司要求员工打卡水印拍照，并且这些照片可能包含员工的个人隐私信息（如面部特征、工作环境等），那么公司需要确保这些信息的收集、使用和保护符合相关法律法规的规定，否则可能构成对员工隐私权的侵犯。
建议与后果：
建议：公司在制定或修改打卡制度时，应当充分考虑员工的合法权益和隐私权保护，确保制度的合理性和合法性。同时，公司也应当与员工进行充分的沟通和协商，确保员工对打卡制度的理解和接受。
后果：如果公司违反相关法律法规或劳动合同的约定，强制要求员工打卡水印拍照，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司承担相应的法律责任。
总结：公司是否可以不让员工打卡水印拍照，需要依据公司的具体规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规来综合判断。如果公司想要改变打卡方式，建议与员工进行充分的沟通和协商，并确保新制度的合理性和合法性。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。