农村自建房没有合法手续的情况下，一般不可以直接翻建，但存在特殊情形或补办手续后可能允许翻建。具体分析如下：

1. 无合法手续翻建的违法性
   根据《土地管理法》《城乡规划法》等规定，农村自建房需满足“一户一宅”原则，且翻建需取得宅基地使用权证、乡村建设规划许可证等合法手续。若原房屋无任何审批手续（如未取得宅基地证、未办理规划许可），直接翻建可能被认定为违法建设，面临责令停止建设、限期拆除、罚款等风险。

2. 特殊情形下的处理方式

   • 历史遗留问题：若房屋建于《土地管理法》实施前（1987年前），且符合“一户一宅”原则，部分地区可能允许补办手续后翻建，但需以当地政策为准。
     
   • 危房改造：若房屋经鉴定为D级危房，部分地区允许在原址、原面积、原高度范围内翻建，但需提前向乡镇政府申请并取得危房改造许可。
     
   • 政策试点地区：部分地区开展农村宅基地制度改革试点，可能放宽翻建条件，但需以当地具体政策为准。

3. 合法翻建的流程建议

   • 确认宅基地使用权：向村委会或乡镇政府查询宅基地是否已确权发证，若未确权需先申请确权。
     
   • 办理规划许可：向乡镇政府提交翻建申请，提供宅基地证、身份证、设计图纸等材料，经审核后取得乡村建设规划许可证。
     
   • 按许可施工：翻建需严格遵守许可证载明的面积、高度、层数等要求，不得超标或移位。

4. 风险提示

   • 若未取得合法手续擅自翻建，可能面临行政处罚（如强制拆除、罚款），甚至影响后续确权登记。
     
   • 翻建过程中若占用耕地、超占宅基地面积或违反环保要求，可能承担更严重的法律责任。

建议：若您计划翻建农村房屋，请先向当地乡镇政府或自然资源部门咨询具体政策，确认是否符合翻建条件，并依法补办手续后再施工。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体流程或政策解读。