结论：人被烟草稽查扣留39小时是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，超过法定留置时间可能涉嫌违法。以下从多个角度进行详细分析：
一、烟草稽查的留置权限与时间限制
烟草稽查作为行政执法机关，在查处涉烟违法行为时，有权对涉嫌违法的人员进行留置调查。然而，这种留置并非无限制的，而是受到法律的严格约束。
留置时间：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关规定，行政机关在调查取证时，对当事人的留置时间通常不得超过24小时。在特殊情况下，如案情复杂、需要进一步调查取证等，经批准可以延长，但延长的时间也有明确限制，且需符合法定程序。
留置程序：
- 烟草稽查在留置当事人时，必须出示执法证件，表明身份，并告知留置的原因和依据。
- 留置期间，烟草稽查应当保障当事人的合法权益，如提供必要的生活条件、允许其与外界联系（在不影响调查的前提下）等。
二、39小时扣留的合法性分析
若未获批准延长：
- 如果烟草稽查在扣留当事人39小时的过程中，未获得上级机关或相关部门的批准延长留置时间，那么这种扣留行为很可能涉嫌违法。因为超过了法定的24小时留置时间限制。
若已获批准延长：
- 即使烟草稽查获得了批准延长留置时间，也需要确保延长的理由充分、程序合法，并且延长的总时间不得超过法律规定的上限。如果延长后的总时间仍然超过了法定限制，或者延长程序存在瑕疵，那么扣留行为也可能被视为违法。
特殊情况下的考虑：
- 在某些特殊情况下，如涉及重大涉烟犯罪案件、需要紧急采取措施防止证据灭失或嫌疑人逃逸等，烟草稽查可能在紧急情况下采取更长时间的扣留措施。但这种情况必须严格符合法律规定的紧急条件，并且事后需要及时补办相关手续。
三、当事人的权利与救济途径
权利：
- 当事人有权要求烟草稽查出示执法证件和留置决定书。
- 当事人有权在留置期间保持沉默或拒绝回答与案件无关的问题。
- 当事人有权要求烟草稽查保障其基本生活条件，如提供食物、水、必要的医疗救助等。
救济途径：
- 如果当事人认为烟草稽查的扣留行为违法，可以在扣留结束后向相关部门投诉或举报。
- 当事人也可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益，如提起行政诉讼或申请国家赔偿等。
四、建议与提醒
对于当事人：
- 如果被烟草稽查扣留，应保持冷静，配合调查，但同时也要注意保护自己的合法权益。
- 可以要求烟草稽查出示相关证件和决定书，并记录下扣留的时间、地点、执法人员等信息。
- 如果认为扣留行为违法或侵犯了自己的权益，可以在事后寻求法律援助。
对于烟草稽查：
- 应严格遵守法律规定，确保留置时间的合法性和程序的正当性。
- 在留置期间，应保障当事人的合法权益，避免过度使用留置措施或侵犯当事人的其他权利。
有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。