关于“员工违反规定抽烟被罚款是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、法律层面的解读
企业罚款权的法律限制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并没有直接对员工进行罚款的法定权利。这些法律主要强调用人单位应依法支付劳动者劳动报酬，并保障劳动者的合法权益。
- 罚款属于财产罚，是对公民财产权的一种剥夺。非经法定程序和法定事由，任何单位和个人不得随意剥夺公民的合法财产。公司作为非行政执法机关，不具备行政处罚权，因此不能对员工进行罚款等行政处罚。
相关法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第九十一条明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资，这意味着企业不能随意以罚款形式扣减员工工资。
- 《中华人民共和国行政处罚法》也规定了行政处罚的设定和实施必须以事实为依据，且必须公布。企业作为非行政机关，不具备实施行政处罚的资格。
二、特定情形下的合理性分析
尽管在一般情况下公司对员工进行罚款是不合法的，但在某些特定情形下，如果公司规章制度有明确规定且符合相关法律法规要求，对违规抽烟员工进行一定经济处罚可能具有一定合理性。这主要体现在以下几个方面：
规章制度的合法性：
- 公司必须在制定规章制度时明确禁止在特定区域（如生产车间、仓库等存在火灾安全隐患的区域）吸烟，并规定相应的违规处罚措施。
- 该规章制度必须经过民主程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，同时向劳动者进行公示或告知。
处罚的性质与金额：
- 在这种情况下，公司对违规抽烟员工进行的经济处罚更偏向于一种违约责任的承担方式，即员工违反了与公司之间的约定，需要承担相应的经济责任。
- 即使在有合法依据的情况下，公司对员工的“罚款”金额也应当合理，不应明显超出员工因违规行为给公司造成的损失，或与员工的工资收入严重不相称。
三、员工权益保护与建议
了解公司规章制度：员工应详细了解公司的规章制度，确保自己的行为符合规定，避免不必要的处罚。
提出申诉与法律援助：如认为公司罚款行为不合理或存在违法行为，员工可以向公司相关部门提出申诉，要求公司重新审查并作出公正处理。若公司未能给予公正处理或员工认为公司存在违法行为，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，从法律角度来看，公司对抽烟员工进行罚款在一般情况下是不合法的。公司应当通过制定合理的内部管理规定来规范员工的行为，并在必要时寻求法律途径来维护企业的合法权益。同时，员工也应了解自己的权益和义务，确保自己的行为符合公司规定，并在必要时采取合法手段维护自己的权益。