结论：公司要求扣除您三个月的业绩奖金是否合法，需根据具体情况判断。若公司扣除奖金的行为缺乏合法依据，您有权通过法律途径维护自身权益。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司扣除奖金的合法性分析
劳动合同及规章制度：
- 首先，需查看您与公司签订的劳动合同中是否有关于奖金发放及扣除的明确约定。若合同中有相关规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司有权按照合同约定执行。
- 其次，需审查公司的规章制度中是否有关于因员工冲突而扣除奖金的规定。若规章制度经过民主程序制定，且已向您公示或告知，则该规定对您具有约束力。但需注意，规章制度的内容必须合法合理，不得侵犯员工的合法权益。
扣除奖金的合理性：
- 即使劳动合同或规章制度中有关于扣除奖金的规定，公司扣除奖金的行为也需具备合理性。若您与同事的冲突已调解好，且未对公司造成实际损失或不良影响，公司扣除您三个月的业绩奖金可能被视为不合理。
- 业绩奖金通常与员工的工作表现、业绩成果等挂钩，若公司因非工作原因扣除您的业绩奖金，可能缺乏合理性依据。
二、您的权益及维权途径
与公司协商：
- 您可首先尝试与公司进行协商，了解公司扣除奖金的具体原因和依据，并表达自己的观点和诉求。通过协商，双方可能达成和解，避免进一步的法律纠纷。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，您可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，您需提供相关证据证明公司扣除奖金的行为缺乏合法依据或合理性，如劳动合同、规章制度、调解协议等。
- 劳动仲裁委员会将依法对案件进行审理，并作出裁决。若裁决支持您的诉求，公司需按照裁决结果支付您被扣除的奖金。
提起诉讼：
- 若您对劳动仲裁委员会的裁决结果不服，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需继续提供证据支持自己的主张，并接受法院的审理和判决。
三、注意事项
保留证据：
- 在处理此类纠纷时，保留相关证据至关重要。您应妥善保存劳动合同、规章制度、调解协议、工资单等证据材料，以便在需要时提供证明。
及时维权：
- 若您认为公司扣除奖金的行为侵犯了您的合法权益，应及时采取行动进行维权。拖延时间可能导致证据丢失或维权难度增加。
咨询专业律师：
- 在处理劳动纠纷时，咨询专业律师的意见和建议非常重要。律师可根据您的具体情况提供针对性的法律建议和维权方案，帮助您更好地维护自身权益。不过，作为张泽夫律师，我可以直接为您提供专业的法律咨询，您有问题可以直接向我咨询。
总结：公司要求扣除您三个月的业绩奖金是否合法，需根据劳动合同、规章制度以及扣除行为的合理性进行综合判断。若您认为公司扣除奖金的行为缺乏合法依据或合理性，可通过与公司协商、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自身权益。在处理此类纠纷时，保留证据、及时维权并咨询专业律师的意见至关重要。