结论：是否扣工资需视具体情况而定，主要取决于请假条的性质、公司规章制度以及离职手续的办理情况。以下从不同角度进行分析：
一、请假条的性质与工资扣除
正常请假流程：
- 如果员工在离职前按照公司正常流程提交请假条，且请假事由合理（如病假、事假等），且公司规章制度中未规定离职前请假需额外扣工资，那么公司通常不应扣减工资。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有合法的休息休假权利，公司不得无故克扣工资。
非正常请假或未履行手续：
- 如果员工未按照公司规定流程提交请假条，或者请假事由不成立（如无故缺勤），公司有权根据公司规章制度进行相应处理，包括扣减工资。
- 特殊情况：若员工在离职前未完成工作交接或存在其他违约行为，公司也可能根据合同约定或规章制度扣减部分工资作为赔偿。
二、公司规章制度的影响
规章制度明确：
- 如果公司规章制度中明确规定了离职前请假需扣工资的情况，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照规章制度执行。
- 注意点：公司规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能对员工不产生约束力。
规章制度不明确或违法：
- 如果公司规章制度中未规定离职前请假需扣工资，或者规定违法（如无故克扣工资），那么公司无权扣减工资。
- 员工权益：员工有权要求公司按照法律规定支付全额工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、离职手续的办理情况
已完成离职手续：
- 如果员工在离职前已按照公司要求完成所有离职手续，包括工作交接、物品归还等，且公司未提出异议，那么公司通常不应再扣减工资。
- 例外情况：若公司在离职后发现员工存在未了结的事项或违约行为，可依法追偿，但不应通过扣减工资的方式实现。
未完成离职手续：
- 如果员工未按照公司要求完成离职手续，公司有权根据合同约定或规章制度要求员工承担相应责任，包括扣减工资作为赔偿。
- 建议：员工在离职前应与公司协商好离职手续的具体办理流程和时间节点，以避免不必要的纠纷。
四、实际操作建议
与公司沟通：
- 员工在离职前应与公司人力资源部门或直接上级沟通请假事宜，了解公司规章制度和离职手续的具体要求。
- 沟通记录：建议员工保留与公司的沟通记录（如邮件、微信聊天记录等），以备不时之需。
查看合同和规章制度：
- 员工应仔细查看劳动合同和公司规章制度中关于请假和工资扣除的条款，确保自己的权益不受侵害。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司扣减工资的行为违法或不合理，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结：是否扣工资需根据请假条的性质、公司规章制度以及离职手续的办理情况综合判断。员工在离职前应与公司充分沟通并了解相关规定，以确保自己的权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。