国企负责人贪污退赔款应依法上缴国库，并作为案件处理的重要环节，同时可能影响量刑和追责。以下从多个角度详细说明：

1. 退赔款的性质与处置原则
   根据《刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。国企负责人贪污的款项属于国家财产，退赔款需全额上缴国库，任何单位或个人不得截留、私分或挪用。这是法律对国有资产保护的刚性要求，也是退赔款处置的核心原则。

2. 退赔款在刑事程序中的作用

   • 量刑情节：退赔行为可能被认定为“认罪悔罪表现”，根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》，主动退赔可酌情从宽处理。例如，贪污数额较大但全额退赔的，可能减轻基准刑30%以下。
     
   • 追责依据：退赔记录是证明贪污行为的重要证据，同时退赔金额可能影响犯罪数额的认定（如部分退赔后剩余金额作为定罪依据）。

3. 退赔款的执行流程

   • 侦查阶段：公安机关可责令嫌疑人退赔，或通过查封、冻结财产保障退赔可行性。
     
   • 审查起诉阶段：检察院可建议嫌疑人主动退赔，作为不起诉或从宽处理的参考。
     
   • 审判阶段：法院判决中会明确退赔义务，若未履行，可强制执行（如拍卖财产、限制高消费等）。

4. 特殊情形处理

   • 退赔与民事赔偿的区分：若贪污行为同时损害第三方利益（如合作方），退赔款优先上缴国库，第三方需通过民事诉讼另行主张赔偿。
     
   • 退赔与赃款赃物的返还：若贪污款项已用于非法活动（如行贿），需先追缴赃款，剩余部分退赔；若款项仍完整，则全额退赔。

5. 监督与责任追究

   • 退赔过程需接受纪检监察、审计等部门监督，防止“假退赔”或“体外循环”。
     
   • 若相关人员协助隐瞒、转移退赔款，可能构成掩饰、隐瞒犯罪所得罪，需承担刑事责任。

建议：若涉及具体案件，需结合贪污数额、退赔时机、主观恶性等因素综合判断法律后果。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合案情提供详细分析。