针对您提出的“国企员工退赃不全怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律与纪律规定的复杂情境。以下是我根据相关法律法规及实施细则，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，退赃是犯罪分子或违纪人员减轻其法律责任和纪律处分的重要情节。在国企员工涉及贪污贿赂等违法犯罪行为时，积极退赃是体现其悔罪态度、减少社会危害的重要方式。
一、退赃不全的法律后果
影响量刑：根据《关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释(二)》等相关司法解释，犯罪分子是否积极退赃是量刑时的重要考量因素。退赃不全可能意味着犯罪分子未能完全消除其违法犯罪行为带来的社会危害，从而在量刑时可能不会得到从宽处理。
继续追缴：对于退赃不全的部分，司法机关或纪检监察机关有权继续追缴。这包括通过查封、扣押、冻结等措施，对犯罪分子的财产进行追缴，以确保违法所得全部上缴国库。
二、退赃不全的处理方式
综合判断退赃情况：根据《中华人民共和国监察法实施条例》等相关规定，监察机关在处理退赃不全的情况时，会综合考虑被调查人的退赃意愿、退赃能力、退赃数额以及挽回损失等情况。如果被调查人确实存在退赃能力不足的情况，但积极配合追缴工作，且大部分赃款赃物已追缴到位，监察机关可能会根据具体情况作出相应处理。
提出从宽建议的限制：即使被调查人存在退赃不全的情况，但如果其主动认罪认罚，且案发前一贯表现良好，行为发生的时间节点、违法犯罪事实的性质情节、产生的社会危害及后果影响等均符合从宽处理的条件，监察机关仍可能提出从宽处罚建议。但这一建议需经过集体审议和上级审核批准，确保审慎、稳妥、精准。
强制措施与法律责任：对于拒不退赃或退赃不全且情节严重的犯罪分子，司法机关可能依法采取强制措施，如逮捕、拘留等，并追究其相应的法律责任。
三、具体建议
积极配合调查：如果国企员工涉及违法犯罪行为且退赃不全，应首先积极配合司法机关或纪检监察机关的调查工作，如实供述自己的违法犯罪事实，并主动提供相关线索和证据。
尽力退赃：在能力范围内，应尽力退缴赃款赃物，以体现自己的悔罪态度和减少社会危害的决心。
寻求法律援助：如果对于退赃问题存在疑问或困惑，可以寻求专业律师的法律援助，以更好地维护自己的合法权益。
综上所述，国企员工退赃不全的处理方式取决于多种因素，包括退赃意愿、退赃能力、退赃数额以及挽回损失等。在处理此类问题时，应严格遵守相关法律法规和纪律规定，确保公正、公平、公开地处理每一起案件。