针对您提出的“单位限期退赃怎么处理”的问题，这通常涉及到公职人员职务犯罪后的赃款退还流程。以下我将结合相关法律法规和实际案例，为您详细解答：
一、退赃的基本原则
在公职人员职务犯罪案件中，退赃是体现犯罪嫌疑人或被告人悔罪态度、减轻社会危害性的重要环节。退赃应当遵循依法、及时、全面的原则，确保赃款赃物能够及时、完整地返还给被害单位或个人。
二、退赃的具体流程
监委调查阶段：
- 在监委对涉嫌职务犯罪的公职人员进行调查期间，如果查实了赃款赃物的存在，监委会依法暂扣这些财物。
- 此时，被害单位或个人可以向监委提出退赃申请，但监委通常不会在调查期间直接退还赃款赃物给被害单位，而是会随案移送司法机关。
司法机关处理阶段：
- 当案件移送至司法机关（如检察院、法院）后，司法机关会根据案件的具体情况和法律规定，对赃款赃物进行进一步的处置。
- 如果赃款赃物能够明确归属被害单位或个人，司法机关会依法责令犯罪嫌疑人或被告人退赔，并将赃款赃物返还给被害单位或个人。
- 在某些情况下，如果被害单位或个人无法直接接收赃款赃物（如因单位改制、注销等原因），司法机关可能会将赃款赃物上缴国库。
退赃的期限：
- 退赃的期限通常会在司法机关的判决或裁定中明确规定。犯罪嫌疑人或被告人应当在规定的期限内完成退赃。
- 如果因特殊情况无法按时退赃，犯罪嫌疑人或被告人可以向司法机关申请延期退赃，但需要提供充分的理由和证据。
三、退赃的注意事项
及时沟通：
- 被害单位或个人在发现赃款赃物后，应及时与监委或司法机关沟通，了解退赃的具体流程和要求。
- 犯罪嫌疑人或被告人也应积极与司法机关沟通，表达退赃的意愿，并配合司法机关完成退赃工作。
保留证据：
- 被害单位或个人在接收赃款赃物时，应妥善保留相关证据（如收据、转账记录等），以备后续需要。
- 犯罪嫌疑人或被告人在退赃时，也应要求接收方出具收据或确认函等证明文件。
遵守法律程序：
- 退赃必须严格遵守法律程序，不得私自处理赃款赃物或逃避退赃责任。
- 如果犯罪嫌疑人或被告人拒绝退赃或逃避退赃责任，司法机关将依法采取强制措施，并可能对其从重处罚。
四、实际案例参考
以您提供的案例为例，如果A市某国有企业的原党委书记、董事长王某任期内侵吞了企业国有资产100万元，并在监委调查期间被查实。那么，这100万元作为涉嫌贪污的犯罪所得，应当由监委依法暂扣，并在调查结束后随案移送司法机关。司法机关在审理案件时，会依法责令王某退赔这100万元，并将其返还给被害的国有企业。
综上所述，单位限期退赃的处理需要遵循依法、及时、全面的原则，并严格按照法律程序进行。如果您或您的单位遇到类似问题，建议及时与监委或司法机关沟通，了解具体的退赃流程和要求。