结论：员工已经提交离职申请，单位应当向劳动者出具解除劳动关系证明。
法律背景与依据：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条的规定：“用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。”这一条款明确规定了用人单位在解除或终止劳动合同时的义务，包括出具解除劳动关系的证明。
详细分析：
离职申请的性质：员工提交离职申请，通常意味着员工已经表达了离职的意愿。无论离职是出于员工主动还是双方协商一致，一旦离职的决定被确定（即离职申请被接受或双方达成离职协议），用人单位就有义务按照法律规定处理后续事宜，包括出具解除劳动关系的证明。
解除劳动关系证明的重要性：解除劳动关系证明是劳动者与用人单位之间劳动关系终止的官方文件，对于劳动者来说具有非常重要的意义。它不仅是劳动者办理失业登记、领取失业保险金等手续的必要依据，也是劳动者在寻找新工作时向新雇主证明自己离职状态的重要文件。
用人单位的义务：根据法律规定，用人单位在解除或终止劳动合同时，必须出具解除劳动关系的证明。这是用人单位的法定义务，不得以任何理由拒绝或拖延履行。如果用人单位未按照规定出具解除劳动关系的证明，可能会面临法律责任，包括但不限于被劳动行政部门责令改正、给劳动者造成损害的承担赔偿责任等。
法律建议：
对于员工来说，如果已经提交了离职申请并确定了离职日期，可以主动向用人单位提出出具解除劳动关系证明的要求。如果用人单位拒绝或拖延出具证明，可以向当地劳动行政部门投诉或寻求法律援助。
对于用人单位来说，应当严格遵守法律规定，在解除或终止劳动合同时及时出具解除劳动关系的证明。这不仅是履行法定义务的表现，也是维护企业形象和避免潜在法律风险的重要举措。
可能后果：
如果用人单位未按照规定出具解除劳动关系的证明，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
如果因用人单位未出具解除劳动关系的证明给劳动者造成损害的（如无法及时办理失业登记、领取失业保险金等），用人单位还需要承担相应的赔偿责任。
综上所述，员工已经提交离职申请后，单位应当向劳动者出具解除劳动关系证明，这是用人单位的法定义务，也是维护劳动者合法权益的重要保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。