结论：员工按照注册资金购买对应的股份，离职时股份被收回是否吃亏，不能一概而论，需结合股份性质、公司章程、股东协议及离职原因等多方面因素综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、股份性质与离职收回条款的合法性
普通股与特殊股：
- 若员工购买的是普通股，通常享有完整的股东权利，包括分红权、表决权等。离职时股份被收回，可能涉及侵犯股东权益的问题，除非公司章程或股东协议中有明确约定。
- 若员工购买的是特殊股（如限制性股票、期权等），其权利可能受到一定限制，包括离职时的回购或收回条款。这种情况下，离职收回股份可能是合法的，但需确保相关条款符合法律法规及公司章程的规定。
合法性依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司章程和股东协议是股东权利义务的重要依据。若公司章程或股东协议中明确规定了离职时股份的收回条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则该条款是有效的。
二、离职原因对股份收回的影响
自愿离职：
- 若员工自愿离职，且公司章程或股东协议中规定了离职时股份的收回条款，员工通常需遵守该条款，股份被收回可能不视为吃亏。但员工有权要求公司按照约定支付股份回购款或补偿。
非自愿离职（如被解雇）：
- 若员工因被解雇等非自愿原因离职，股份被收回可能涉及不公平对待的问题。此时，员工可依据公司章程、股东协议及劳动法律法规，与公司协商或通过法律途径维护自身权益。
三、股份价值与回购价格
股份价值评估：
- 离职时股份被收回，员工应关注股份的评估价值。若公司未按照合理价格回购股份，员工可要求公司进行公正评估，并支付相应的回购款。
回购价格约定：
- 公司章程或股东协议中应明确股份的回购价格或计算方法。若未明确约定，员工可与公司协商确定回购价格；协商不成的，可通过法律途径解决。
四、法律建议与风险防范
审查公司章程与股东协议：
- 员工在购买股份前，应仔细审查公司章程和股东协议，了解股份的性质、权利义务及离职时的处理条款。
协商与书面确认：
- 若对股份收回条款有异议或疑问，员工应与公司进行协商，并确保协商结果以书面形式确认，以避免后续纠纷。
法律途径维权：
- 若公司违反公司章程、股东协议或劳动法律法规，侵犯员工股东权益，员工可通过法律途径（如诉讼、仲裁等）维护自身权益。
五、实际案例参考
- 案例一：某公司员工购买限制性股票，离职时公司按照约定价格回购股份。员工认为回购价格过低，但公司章程和股东协议中明确规定了回购价格的计算方法，且该计算方法合理合法。最终，员工接受回购价格，未引发纠纷。
- 案例二：某公司员工购买普通股，离职时公司未经协商单方面收回股份。员工认为公司侵犯其股东权益，通过法律途径维权。法院经审理认为，公司章程和股东协议中未明确规定离职时股份的收回条款，公司单方面收回股份违法，判决公司恢复员工股东身份或支付相应赔偿。
综上所述，员工按照注册资金购买对应的股份，离职时股份被收回是否吃亏，需结合具体情况判断。员工在购买股份前应仔细审查公司章程和股东协议，了解相关条款；离职时若对股份收回有异议，应与公司协商或通过法律途径维护自身权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。