结论：药店是否可以因检查出空盒而扣员工的钱，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同与规章制度：

   • 劳动合同约定：首先，需查看员工与药店签订的劳动合同中是否有关于因商品缺失（如空盒）导致经济损失的赔偿条款。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么药店可能依据合同条款要求员工承担相应的赔偿责任。
   • 规章制度规定：其次，药店的内部规章制度中也可能对员工因疏忽或故意导致商品缺失的处理方式作出规定。如果规章制度经过民主程序制定，且已向员工公示或告知，那么药店可能依据规章制度对员工进行相应的处理，包括扣减工资等。但需注意，规章制度中的处理方式必须合法合理，不能侵犯员工的合法权益。

2. 员工过错程度：

   • 故意行为：如果员工故意造成商品缺失（如偷窃、私藏等），那么药店不仅有权要求员工赔偿经济损失，还可能依据相关法律法规和规章制度对员工进行纪律处分，甚至解除劳动合同。
   • 疏忽行为：如果员工因疏忽大意导致商品缺失（如未及时发现空盒、未妥善保管商品等），那么药店的处理方式应相对温和。在要求员工承担部分或全部经济损失时，应考虑员工的过错程度、经济损失的大小以及员工的经济承受能力等因素，避免过度处罚。

3. 法律法规限制：

   • 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，用人单位不得随意扣减员工的工资。除非因员工本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失时，可以从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 举证责任：药店在要求员工赔偿经济损失时，需承担举证责任，证明商品缺失是由员工造成的，且经济损失的具体数额。如果药店无法提供充分证据证明其主张，那么其要求员工赔偿经济损失的请求可能不会被支持。

建议：

• 对于药店而言，应完善劳动合同和规章制度，明确员工因商品缺失导致经济损失的赔偿条款和处理方式，并确保这些条款和处理方式合法合理。同时，加强员工培训和管理，提高员工的责任心和业务水平，减少商品缺失的发生。
• 对于员工而言，应认真履行工作职责，妥善保管商品，避免因疏忽大意导致商品缺失。如果因个人原因给药店造成经济损失，应积极与药店协商赔偿事宜，并承担相应的赔偿责任。如果认为药店的处理方式不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

可能后果：

• 如果药店未经合法程序或未提供充分证据就随意扣减员工工资，员工有权向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求药店支付被扣减的工资及相应的经济补偿。
• 如果员工因故意或重大过失给药店造成重大经济损失，药店可能依据相关法律法规和规章制度对员工进行纪律处分或解除劳动合同，并要求员工承担相应的赔偿责任。