医院药房员工不可以扣患者的药，此行为不合法。

首先，从法律角度来看，医院药房员工扣留患者的药品，侵犯了患者的合法权益。患者到医院就医并购买药品，是基于与医院之间的医疗服务合同关系，患者有权获得其购买的药品。药房员工无故扣留药品，构成了对合同的违约，也侵犯了患者的财产权。

其次，医院药房作为医疗机构的重要组成部分，其职责是确保药品的供应和管理，以保障患者的用药需求。药房员工应当严格遵守医院的规章制度和操作流程，确保药品的准确发放。扣留患者药品的行为，不仅违反了医院的规章制度，也损害了医院的声誉和信誉。

此外，如果药房员工扣留患者药品的行为造成了患者的损害，如延误治疗、加重病情等，员工还可能面临法律责任。患者有权要求医院赔偿因此造成的损失，并可以依法追究相关人员的法律责任。

综上所述，医院药房员工不可以扣患者的药，此行为不仅不合法，也违反了医院的规章制度和职业道德。如果遇到类似情况，患者可以向医院投诉并寻求法律帮助。