结论前置：货车司机招聘时收取两千元违章保证金的行为，一般是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律角度
保证金收取的合法性：
- 根据《劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。因此，招聘时收取违章保证金的行为，违反了这一法律规定，属于违法行为。
违章保证金与劳动关系的本质：
- 劳动关系是建立在平等、自愿、协商一致的基础上的，用人单位与劳动者之间应当遵循诚实信用原则。收取违章保证金，实际上是对劳动者的一种不信任，也违背了劳动关系的本质。
二、实际操作角度
保证金的性质与用途：
- 违章保证金通常被设定为用于抵扣劳动者可能因违章行为给用人单位造成的损失。然而，这种设定存在诸多问题。首先，它无法准确预测劳动者未来的违章行为及可能造成的损失；其次，它可能成为用人单位滥用权力、侵犯劳动者权益的工具。
保证金的退还问题：
- 即使劳动者在劳动关系存续期间没有发生违章行为，用人单位也可能以各种理由拒绝退还保证金。这种行为不仅损害了劳动者的合法权益，也破坏了劳动市场的公平与秩序。
三、建议与措施
对于劳动者：
- 在面对招聘时要求收取违章保证金的情况，劳动者应当坚决拒绝，并向当地劳动监察部门投诉举报。同时，劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，确保自己的权益不受侵害。
对于用人单位：
- 用人单位应当遵守法律法规，不得在招聘时收取违章保证金或其他形式的财物。用人单位可以通过完善内部管理制度、加强员工培训等方式，来预防和减少员工的违章行为，而不是通过收取保证金来转嫁风险。
法律后果：
- 如果用人单位违反规定收取违章保证金，劳动行政部门将责令其限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款。给劳动者造成损害的，还应当承担赔偿责任。
总结与进一步思考：货车司机招聘时收取违章保证金的行为是不合法的，它违反了《劳动合同法》的相关规定，也违背了劳动关系的本质。作为劳动者，应当了解自己的权益，并在面对不合法要求时坚决拒绝；作为用人单位，应当遵守法律法规，通过合法途径来管理和预防员工的违章行为。如果您在劳动关系中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和帮助。