结论：员工在上班途中发生车祸，原本被认定为主要责任，但后续协商变为同等责任，这一变化将直接影响工伤认定及赔偿责任的划分。以下从工伤认定、赔偿责任划分以及后续处理建议三个角度进行详细分析。
一、工伤认定角度
同等责任下的工伤认定：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。在您描述的情况下，员工原本被认定为主要责任，但后续协商变为同等责任，这意味着员工现在符合“非本人主要责任”的条件，因此有可能被认定为工伤。
工伤认定的程序：
- 员工或其近亲属应在事故伤害发生之日起1年内，向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 社会保险行政部门将根据事故现场、交警部门出具的事故责任认定书等证据，进行工伤认定。
二、赔偿责任划分角度
交通事故赔偿：
- 在同等责任下，员工和对方驾驶员将各自承担50%的赔偿责任。这意味着员工可以就其因事故造成的损失（如医疗费、误工费、残疾赔偿金等）向对方驾驶员及其保险公司主张50%的赔偿。
工伤保险赔偿：
- 如果员工被认定为工伤，那么根据《工伤保险条例》的规定，员工将享受工伤保险待遇，包括医疗费、康复费、一次性伤残补助金等。这些待遇的支付不依赖于交通事故的赔偿责任划分，而是由工伤保险基金或用人单位承担。
双重赔偿的可能性：
- 在实践中，员工在获得交通事故赔偿后，仍有可能享受工伤保险待遇，即存在双重赔偿的可能性。但具体能否双重赔偿，以及赔偿的范围和标准，可能因地区和具体政策而异。
三、后续处理建议
及时申请工伤认定：
- 鉴于员工现在符合工伤认定的条件，建议尽快向社会保险行政部门提出工伤认定申请，以确保员工的合法权益得到保障。
收集并保存证据：
- 员工应收集并保存与事故相关的所有证据，包括事故现场照片、交警部门出具的事故责任认定书、医疗记录等。这些证据将在工伤认定和交通事故赔偿中发挥重要作用。
咨询专业律师：
- 鉴于工伤认定和交通事故赔偿的复杂性，建议员工或其近亲属咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。作为专注于婚姻家庭、交通事故领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。
关注赔偿进展：
- 在申请工伤认定和主张交通事故赔偿的过程中，员工应密切关注赔偿进展，确保自己的权益得到及时、充分的保障。
总结：员工在上班途中发生车祸，责任从主要变为同等，将直接影响工伤认定和赔偿责任的划分。建议员工及时申请工伤认定，收集并保存证据，咨询专业律师，并关注赔偿进展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。