核心结论：第三方公司与甲方合作取消，员工是否有赔偿需分情况讨论，主要取决于员工与哪方签订的劳动合同以及合作取消的具体原因。
员工与第三方公司签订劳动合同
- 若合作取消非员工原因：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，如果第三方公司与甲方的合作取消并非由于员工个人的原因（如员工严重违反公司规章制度、不能胜任工作等），且第三方公司因此决定与员工解除劳动合同，那么第三方公司应当向员工支付经济补偿。经济补偿的标准通常按照员工在该公司的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 若合作取消因员工原因：如果合作取消是由于员工个人的原因，如员工严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害等，且第三方公司因此决定与员工解除劳动合同，那么第三方公司可能无需支付经济补偿，甚至有权要求员工赔偿损失。
- 若第三方公司未依法解除劳动合同：如果第三方公司在未依法与员工解除劳动合同的情况下，直接停止提供工作条件或支付工资，员工有权要求第三方公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
员工与甲方签订劳动合同，但被派遣至第三方公司工作
- 若合作取消非员工原因：在这种情况下，员工与甲方存在劳动关系，与第三方公司存在用工关系。如果合作取消并非由于员工个人的原因，且甲方因此决定与员工解除劳动合同或调整工作岗位，甲方应当按照《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定向员工支付经济补偿或进行妥善安置。
- 若合作取消因业务调整等非员工过错原因，且甲方未解除劳动合同：甲方可能需要将员工调回原岗位或安排其他合适的工作岗位，而无需支付经济补偿。但甲方应确保员工的工资待遇、工作条件等不受不合理降低。
特殊情况：第三方公司与甲方合作取消，但员工劳动关系未受影响
- 如果第三方公司与甲方的合作取消，但员工的劳动关系并未因此受到影响（如员工继续由原公司雇佣，只是工作内容或工作地点有所调整），那么员工通常无权要求赔偿。但员工有权要求公司就工作内容、工作地点等变更进行协商，并达成一致意见。
法律建议：
- 对于员工而言，在面临第三方公司与甲方合作取消的情况时，首先应明确自己与哪方签订的劳动合同，并了解合作取消的具体原因。
- 如果认为自己的权益受到侵害，可以收集相关证据（如劳动合同、工资单、工作记录等），并向当地劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。
- 在处理此类纠纷时，建议保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。
可能法律后果：
- 如果员工或公司未依法处理合作取消后的劳动关系问题，可能面临劳动争议调解仲裁机构的裁决或法院的判决，要求支付经济补偿、赔偿金或继续履行劳动合同等。
- 在极端情况下，如果公司或员工的行为构成违法（如恶意拖欠工资、非法解除劳动合同等），还可能面临行政处罚或刑事责任。
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