当物流公司驾驶员在运输途中自身生病时，可以按照以下步骤进行处理，以确保自身安全及运输任务的顺利进行：
一、驾驶员自身应急处置
评估病情：
- 驾驶员应首先评估自己的病情严重程度。如果病情较轻，如轻微头痛、感冒等，且不影响驾驶安全，可以考虑继续行驶至就近的服务区或休息站进行休息和简单治疗。
- 如果病情较重，如出现头昏、腹痛、心绞痛等可能影响驾驶安全的疾病症状，应立即采取措施停车。
安全停车：
- 立即开启危险报警闪光灯，夜间还需开启示廓灯，选择应急车道或紧急停车带等安全区域停车。
- 若驾驶员无法控制腿部，可利用驻车制动器减速，确保车辆平稳停靠。
自救与求救：
- 车辆停稳后，拉紧驻车制动器操纵杆，打开车门。
- 及时采取自救措施，如服用随身携带的急救药物（如果有的话）。
- 若病情不明或病情较严重时，立即拨打120急救电话，同时向公司管理人员报告现场情况及车辆停靠位置，请求救援。
二、公司支持与救助
公司应急响应：
- 物流公司应建立完善的应急响应机制，一旦接到驾驶员的求救信息，应立即启动应急预案。
- 安排专人负责与驾驶员保持联系，了解病情及位置信息，协调救援资源。
提供医疗援助：
- 根据驾驶员的病情和位置，公司可以协调附近的医疗机构提供紧急医疗援助。
- 如果需要，公司可以安排专人前往现场协助处理，确保驾驶员得到及时救治。
职业伤害保障：
- 如果驾驶员的病情属于职业伤害范畴，公司应按照相关政策规定，为驾驶员提供必要的职业伤害保障。
- 协助驾驶员申请工伤认定和享受相关工伤保险待遇。
三、后续处理与预防
病情跟踪与康复：
- 公司应持续关注驾驶员的病情恢复情况，提供必要的康复支持和帮助。
- 根据驾驶员的康复情况，合理安排其返回工作岗位的时间。
健康管理与预防：
- 公司应定期组织驾驶员进行体检，做好疾病预防工作。
- 鼓励驾驶员保持良好的生活和作息习惯，学会自我保养和调节。
- 提供常见突发疾病的救助知识和技能培训，提高驾驶员的应急处理能力。
完善救助措施：
- 公司可以与中国职工发展基金会等单位合作，开展针对货车司机的健康医疗、关怀慰问等帮扶救助活动。
- 探索开展职工互助保险，为驾驶员提供意外伤害、重大疾病等保障。
四、政策支持与利用
- 驾驶员和公司应充分了解并利用国家及地方关于运输途中意外伤亡货车司机的帮扶救助政策。
- 如符合条件，及时申请相关救助和保障措施，减轻经济负担和后顾之忧。
综上所述，当物流公司驾驶员在运输途中自身生病时，应首先确保自身安全，采取必要的应急处置措施，并及时向公司求救。公司应提供全面的支持和救助，确保驾驶员得到及时救治和康复。同时，双方应共同关注驾驶员的健康管理和预防工作，完善救助措施，并充分利用政策支持，为驾驶员提供更好的保障和服务。