结论：约定了仲裁但双方通过人民调解达成协议后，是可以申请司法确认的。

详细分析：

1. 仲裁协议与人民调解协议的关系：

   • 仲裁协议是双方约定将争议提交仲裁机构进行裁决的协议，具有排除法院管辖的效力。但这并不意味着一旦约定了仲裁，双方就不能通过其他方式解决争议，特别是在双方自愿的情况下。
   • 人民调解协议是双方在人民调解委员会的主持下，通过协商达成的解决争议的协议。它体现了双方的自愿和合意，具有法律约束力。

2. 司法确认的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国人民调解法》第三十三条：“经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认，人民法院应当及时对调解协议进行审查，依法确认调解协议的效力”。这一条款明确规定了人民调解协议可以申请司法确认，且并未排除约定了仲裁的情况。

3. 仲裁协议不影响司法确认的申请：

   • 仲裁协议主要约束的是双方在争议发生时选择仲裁作为解决方式，但它并不妨碍双方在争议发生前或发生后，通过其他合法方式（如人民调解）达成协议，并申请司法确认。
   • 司法确认是对人民调解协议效力的确认，与仲裁协议无直接关联。只要人民调解协议是双方真实意思的表示，且内容合法，就可以申请司法确认。

4. 申请司法确认的流程和注意事项：

   • 双方应在调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。
   • 申请时应提交调解协议、调解组织主持调解的证明等材料。
   • 人民法院将及时对调解协议进行审查，并依法确认其效力。一旦确认，调解协议即具有强制执行效力。

建议：

• 如果双方已经约定了仲裁，但在争议发生前或发生后通过人民调解达成了协议，并希望该协议具有更强的法律保障，可以考虑申请司法确认。
• 在申请司法确认前，建议双方仔细审查调解协议的内容，确保其真实、合法、有效。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。