政府调解达成的协议，在特定情况下是可以申请司法确认的，但具体能否申请以及申请流程需依据调解组织的性质和当地法律法规、法院实践而定。以下是对这一问题的详细分析：
一、调解组织性质的影响
人民调解委员会：
- 如果政府调解是通过人民调解委员会进行的，那么达成的调解协议是可以申请司法确认的。根据《中华人民共和国人民调解法》第三十三条，经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人认为有必要的，可以自调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。
其他行政调解组织：
- 对于其他行政调解组织（如行业性、专业性的人民调解委员会，或法院特邀调解组织等）达成的调解协议，其能否申请司法确认则取决于当地的法律法规和法院实践。虽然法律并未明确赋予所有行政调解协议可直接申请司法确认的程序，但在某些地区或特定案件类型中，行政调解协议也可能被允许申请司法确认。
二、申请司法确认的条件
无论调解组织性质如何，申请司法确认通常都需要满足以下条件：
主体适格：
- 申请司法确认的主体必须是调解协议的双方当事人，且双方必须自愿共同提出申请。
内容合法：
- 调解协议的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
程序合规：
- 调解协议的达成必须符合法定程序，包括调解组织的合法性、调解过程的公正性等。
三、申请司法确认的时间与程序
时间要求：
- 双方当事人应当自调解协议生效之日起三十日内提出司法确认申请。逾期则无法再申请司法确认。
提交法院：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，双方当事人可向有管辖权的人民法院提出申请。具体来说，如果调解组织是人民法院邀请的，则向作出邀请的人民法院提出；如果调解组织是自行开展调解的，则向当事人住所地、标的物所在地、调解组织所在地的基层人民法院提出（调解协议所涉纠纷应当由中级人民法院管辖的，向相应的中级人民法院提出）。
共同申请：
- 需要双方当事人共同向人民法院提出申请，单方申请通常不会被受理。
四、司法确认后的法律效力
- 经司法确认后的调解协议具有强制执行力。如果一方当事人不履行协议内容，另一方当事人可以直接向法院申请强制执行，无需再行起诉。
五、实际操作建议
- 由于政府调解协议的司法确认可能因地区和具体案件类型而有所不同，建议当事人在实际操作前充分了解当地法律法规和法院实践。
- 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。
总结来说，政府调解达成的协议在特定情况下是可以申请司法确认的，但具体能否申请以及申请流程需依据调解组织的性质和当地法律法规、法院实践而定。因此，在实际操作中，当事人应谨慎行事，并寻求专业法律意见以确保自身权益。