双方达成的协议，在符合一定条件下，是可以申请司法确认的。以下从多个角度为你详细分析：

一、司法确认的适用范围

根据《中华人民共和国人民调解法》第三十三条以及《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，经人民调解委员会调解达成调解协议后，双方当事人可以自调解协议生效之日起三十日内，共同向调解组织所在地基层人民法院申请司法确认。这里的“调解协议”，本质上也是一种双方达成的协议，只不过是在人民调解委员会主持下达成的。此外，对于其他依法设立的调解组织调解达成的协议，同样可以参照此规定申请司法确认。

二、申请司法确认的条件

1. 协议内容合法：双方达成的协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗，不得损害国家、集体或第三人的利益。
2. 双方自愿：协议的达成必须是双方自愿的，不存在欺诈、胁迫等情形。
3. 具有可执行性：协议内容应当明确、具体，具有可执行性。如果协议内容模糊不清，或者存在无法执行的条款，那么法院可能不会予以确认。
4. 共同申请：双方当事人需要共同向法院提出司法确认申请，并提交相关材料，如调解协议、身份证明等。

三、司法确认的法律效力

一旦法院对双方达成的协议进行了司法确认，该协议就具有了强制执行力。如果一方当事人不履行协议内容，另一方当事人可以直接向法院申请强制执行，无需再经过诉讼程序。

四、实际操作中的注意事项

1. 及时申请：双方应当在协议生效后尽快申请司法确认，以免超过法定期限。
2. 准备充分：在申请司法确认时，双方应当准备充分的材料，如调解协议、身份证明、相关证据等，以便法院能够全面了解协议内容和双方情况。
3. 遵守程序：双方应当遵守法院的程序规定，如按时出庭、如实陈述等，以确保司法确认的顺利进行。

五、特殊情况下的处理

如果双方达成的协议并非在人民调解委员会或其他依法设立的调解组织主持下达成的，而是双方自行协商达成的，那么这种情况下是否可以直接申请司法确认呢？一般来说，自行协商达成的协议并不直接具备申请司法确认的资格。但是，如果双方能够就该协议达成一致，并共同向法院申请确认其效力，法院在审查后认为协议内容合法、自愿且具有可执行性的，也有可能会予以确认。不过，这种情况下的确认程序可能因地区和法院的不同而有所差异。

建议：如果你和对方已经达成了协议，并希望该协议具有强制执行力，那么可以考虑在人民调解委员会或其他依法设立的调解组织的主持下达成调解协议，并共同向法院申请司法确认。如果你对协议的内容、申请司法确认的程序等方面存在疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。