结论前置：当事人自行达成的协议，在符合一定条件和程序的情况下，是可以向人民法院申请司法确认的。这一制度设计旨在增强协议的法律效力，确保其可执行性，从而更有效地保障当事人的合法权益。
一、可以申请司法确认的协议范围及条件
适用范围：
- 不仅限于人民调解委员会调解达成的协议，当事人自行达成的具有民事合同性质的协议，在符合相关法律规定的情况下，同样可以申请司法确认。例如，双方因合同纠纷自行协商达成的和解协议，或因侵权行为达成的赔偿协议等。
申请条件：
- 双方自愿：协议必须是双方当事人真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等违反当事人自愿原则的情形。
- 内容合法：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，且不得损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。
- 属于法院受理范围：协议所涉及的纠纷应属于人民法院受理民事案件的范围，如合同纠纷、侵权纠纷、财产分割纠纷等。
二、申请司法确认的程序
提交申请：
- 当事人应在协议生效之日起三十日内，共同向有管辖权的基层人民法院提出司法确认申请。这里的“有管辖权”通常指的是调解组织所在地或协议履行地的基层人民法院。
- 申请时需提交的材料包括：申请书、协议原件、双方当事人的身份证明（如身份证、营业执照等），以及与协议相关的财产权利证明等证明材料。
法院审查：
- 法院收到申请后，将对协议进行形式和实质审查。形式审查主要检查申请材料是否齐全、是否符合法定形式；实质审查则主要审查协议的自愿性、合法性以及是否具有可执行性。
作出裁定：
- 法院经审查后，对于符合条件的协议，将作出确认协议有效的裁定；对于不符合条件的，将裁定驳回申请。裁定一经作出即发生法律效力，当事人不得上诉。
裁定与执行：
- 经法院裁定有效的协议具有强制执行力。若一方当事人拒绝履行或未全部履行协议内容，另一方当事人可以向法院申请强制执行，从而有效保障自身权益。
三、不可以申请司法确认的情况
- 如果协议存在违反法律规定、损害国家利益、社会公共利益或者他人合法权益等情形，法院将不予确认。例如，协议涉及恶意串通逃避债务、损害国家税收利益等内容。
- 涉及身份关系、收养关系等人身权利的案件，以及法院已经受理或正在解决的案件，也不适用于司法确认程序。
四、实际案例与法律建议
实际案例：
- 假设甲乙双方因合同纠纷自行协商达成了一份和解协议，约定甲向乙支付一定数额的赔偿金，乙则放弃对甲的其他诉讼请求。协议达成后，双方共同向法院申请了司法确认。法院经审查认为协议合法有效，遂作出了确认裁定。后甲未按约定支付赔偿金，乙遂向法院申请强制执行，最终成功获得了赔偿。
法律建议：
- 在签订自行达成的协议时，建议双方当事人明确协议内容、履行方式以及违约责任等条款，以确保协议的明确性和可执行性。
- 若希望进一步增强协议的法律效力，确保其可执行性，可以选择在协议生效后及时向法院申请司法确认。
- 在申请司法确认前，务必仔细审查协议内容是否符合法律规定和法院受理范围，避免因不符合条件而浪费时间和精力。
综上所述，当事人自行达成的协议在符合一定条件和程序的情况下是可以申请司法确认的。通过司法确认程序，可以赋予协议强制执行力，为当事人的合法权益提供更有力的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。