双方当事人签订的协议申请法院确认，通常指的是对调解协议进行司法确认的程序。以下是申请法院确认协议的具体步骤和注意事项：

1. 确认协议性质：

   • 首先，需要明确双方签订的协议是否属于可以申请司法确认的调解协议范畴。一般来说，经人民调解委员会、行政机关、行业组织等调解达成的协议，在符合一定条件下，可以申请法院进行司法确认。

2. 准备申请材料：

   • 双方当事人需要共同向有管辖权的人民法院提出申请，并提交以下材料：
     • 司法确认申请书，明确申请事项、事实和理由；
     • 调解协议原件及复印件；
     • 双方当事人的身份证明材料；
     • 其他与调解协议相关的证据材料（如有）。

3. 提交申请并等待审查：

   • 提交申请后，法院将对申请材料进行审查。审查内容主要包括：调解协议是否自愿达成、内容是否合法、是否违反社会公共利益等。
   • 法院在审查过程中，可能会要求双方当事人补充材料或进行说明。

4. 法院作出确认决定：

   • 经审查，法院认为调解协议符合司法确认条件的，将作出确认调解协议有效的裁定书。该裁定书具有强制执行力，一方当事人拒绝履行或者未全部履行的，对方当事人可以向人民法院申请强制执行。
   • 若法院认为调解协议不符合司法确认条件，将作出不予确认的裁定，并说明理由。

5. 注意事项：

   • 申请司法确认的调解协议应当具有民事权利义务内容，且双方当事人对调解协议的内容无异议。
   • 申请司法确认应当在调解协议生效之日起三十日内提出。
   • 司法确认程序不收取诉讼费用，但可能涉及一些其他费用（如复印费、邮寄费等），具体根据当地法院规定执行。

如果您在协议签订或申请司法确认过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、详细的法律解答和建议。