当事人双方自行达成的协议，在符合一定条件下，确实可以申请司法确认。以下是对此问题的详细分析：
一、司法确认的申请与效力
申请主体与条件：
- 双方当事人无论是通过人民调解委员会调解还是自行和解达成的调解协议，只要符合相关法律规定，均有权在调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。
- 申请司法确认的法院通常包括主持调解的人民调解委员会所在地的基层人民法院或调解协议所涉及纠纷的管辖法院。
司法确认的效力：
- 人民法院在收到申请后，会依法对调解协议进行审查。若确认调解协议合法有效，法院将出具民事裁定书，裁定该调解协议具有法律效力，并因此获得强制执行力。
- 这意味着，一旦调解协议获得司法确认，即具有与法院判决同等的法律效力，一方当事人拒绝履行或未全部履行的，对方当事人可直接向法院申请强制执行。
二、申请司法确认的条件
协议内容合法：
- 调解协议的内容必须不违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益或他人合法权益。
当事人具备完全民事行为能力：
- 双方当事人必须具备完全民事行为能力，且意思表示真实。
协议内容明确具体：
- 调解协议的内容应明确具体，能够确定具体的履行方式，以便法院进行审查和执行。
三、不能申请司法确认的情形
涉及人身权利的案件：
- 涉及身份关系、收养关系等人身权利的案件，不适用于司法确认程序。
法院已受理或正在解决的案件：
- 如果法院已经受理或正在解决相关案件，则该调解协议不能申请司法确认。
协议内容不明确或违法：
- 如果调解协议内容不明确、无法执行，或者违反法律法规、损害公共利益，也不能申请司法确认。
四、建议与注意事项
咨询专业律师：
- 在申请司法确认前，建议双方当事人咨询专业律师，以确保调解协议符合申请条件，避免因不符合规定而浪费时间和精力。
准备相关材料：
- 申请司法确认时，需要准备调解协议、身份证明等相关材料，以便法院进行审查。
注意申请时限：
- 双方当事人应在调解协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认，逾期可能无法获得司法确认。
总结来说，当事人双方自行达成的协议在符合一定条件下可以申请司法确认，以赋予调解协议强制执行力。但需注意申请条件、不能申请的情形以及申请时的注意事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。