结论：达成的协议在符合一定条件下可以直接申请司法确认，但并非所有协议都适用司法确认程序。
详细分析：
司法确认的申请条件与效力：
- 双方当事人无论是通过调解组织调解还是自行和解达成的协议，只要内容合法、不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害社会公共利益或他人合法权益，且双方具备完全民事行为能力，意思表示真实，协议内容明确具体，能够确定具体的履行方式，均有权在协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。
- 申请司法确认的法院通常包括调解组织所在地的基层人民法院或协议所涉及纠纷的管辖法院。
- 人民法院在收到申请后，会依法对协议进行审查。若确认协议合法有效，法院将出具民事裁定书，裁定该协议具有法律效力，并因此获得强制执行力。这意味着，一旦一方不履行协议，另一方可以直接向法院申请强制执行。
不能申请司法确认的情形：
- 涉及身份关系、收养关系等人身权利的案件，以及法院已经受理或正在解决的案件，不适用于司法确认程序。
- 如果协议内容不明确、无法执行，或者违反法律法规、损害公共利益，也不能申请司法确认。例如，协议中约定的履行方式模糊不清，或者涉及非法活动等。
司法确认的意义与建议：
- 司法确认制度为双方当事人提供了一种高效、便捷的纠纷解决方式。通过司法确认，可以赋予协议强制执行力，有效保障双方当事人的合法权益。
- 在申请司法确认前，建议双方当事人仔细审查协议内容，确保符合申请条件。如果对协议内容或申请程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
举例说明：
假设甲乙双方因合同纠纷达成和解协议，约定甲方向乙方支付一定金额作为赔偿，并明确了支付时间和方式。如果该协议内容合法、双方具备完全民事行为能力、意思表示真实，且支付时间和方式明确具体，那么甲乙双方可以在协议生效之日起三十日内共同向人民法院申请司法确认。一旦法院确认协议有效，乙方就可以在甲方不履行协议时直接向法院申请强制执行。
总结与进一步建议：
达成的协议在符合一定条件下可以直接申请司法确认，但需注意部分案件类型不适用司法确认程序。在申请前，建议双方当事人仔细审查协议内容，并确保符合申请条件。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。