协议在一般情况下自成立时生效，无需共同向法院申请司法确认。但在特定情形下，如协议效力存在争议或涉及特定程序要求时，可能需要法院介入以确认其效力。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议生效的一般规定
根据《中华人民共和国民法典》第五百零二条，依法成立的合同，自成立时生效，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。这意味着，在大多数情况下，只要协议是双方或多方当事人的真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，且形式符合法律要求（如书面形式），该协议自成立时就具有法律效力，对各方当事人产生约束，无需法院额外确认。例如，常见的房屋租赁合同、买卖合同等，在双方签字盖章后即可生效。
二、协议效力争议的解决
协议效力存在争议：若协议的当事人对协议的效力产生分歧，认为存在欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等可撤销事由，或认为协议因违反法律强制性规定而无效，此时可以向法院提起诉讼，请求法院对协议的效力进行认定。法院将依据具体事实和法律规定，审查协议的签订过程和内容，作出协议有效、无效或可撤销的判决。
调解协议的司法确认：在人民调解委员会等调解组织主持下达成的调解协议，若双方认为有必要，可共同向法院申请司法确认。经法院确认后的调解协议具备强制执行力，一方不履行时，另一方有权向法院申请强制执行。但需要注意的是，这种司法确认并非所有协议都需要，而是特定于调解协议。
三、特定程序中的协议确认
在某些特殊的法律程序中，如破产程序，债权人会议通过的和解协议需要经人民法院裁定认可后才生效。这是法律为保障特定程序的公平、公正及有序进行所设定的特殊要求。然而，这种情况并不普遍，仅适用于特定程序中的特定协议。
四、建议与注意事项
确保协议合法有效：当事人在签订协议时应确保协议内容的合法性、真实性和完整性，以避免后续的法律纠纷。
明确协议效力争议解决方式：在协议中可以约定争议解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等，以便在协议效力产生争议时能够迅速有效地解决。
了解特定程序要求：如果协议涉及特定法律程序（如破产程序），应了解并遵守相关程序要求，以确保协议的效力得到认可。
及时寻求法律帮助：如果对协议的效力或相关法律问题存在疑问，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，协议在一般情况下自成立时即生效，无需共同向法院申请司法确认。但在特定情形下，如协议效力存在争议或涉及特定程序要求时，可能需要法院的介入以明确协议的效力和相关问题。因此，当事人在签订协议时应谨慎对待，确保协议内容的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。