借款合同未明确指定哪家仲裁机构，并不直接导致仲裁条款无效，但可能影响仲裁的顺利进行，具体分析如下：

1. 仲裁条款的有效性：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，仲裁协议应当具有下列内容：（一）请求仲裁的意思表示；（二）仲裁事项；（三）选定的仲裁委员会。若借款合同中的仲裁条款未明确指定仲裁机构，从严格意义上讲，该条款可能因缺乏“选定的仲裁委员会”这一要素而存在瑕疵。
   • 然而，实践中，如果双方当事人在仲裁条款中表达了通过仲裁解决争议的意愿，并且仲裁事项明确，仅因未指定具体仲裁机构，并不必然导致仲裁协议无效。法院或仲裁机构可能会根据双方当事人的意图、合同的其他条款以及行业惯例等因素，尝试确定一个合理的仲裁机构。

2. 仲裁机构的确定：

   • 如果借款合同中的仲裁条款未明确指定仲裁机构，双方当事人可以协商补充指定。协商一致的，仲裁机构得以确定，仲裁程序可以继续进行。
   • 若双方无法协商一致，根据《中华人民共和国仲裁法》第十八条，仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确的，当事人可以补充协议；达不成补充协议的，仲裁协议无效。在此情况下，任何一方均有权向法院提起诉讼，由法院对争议进行管辖。

3. 法律建议：

   • 明确指定仲裁机构：为避免争议和不必要的法律程序，建议在签订借款合同时，明确指定一个具体的仲裁机构。这样不仅可以确保仲裁条款的有效性，还可以提高仲裁的效率和可预测性。
   • 协商补充：如果借款合同已经签订，但仲裁条款未明确指定仲裁机构，双方当事人应尽快协商补充指定。协商过程中，可以参考行业惯例、合同的其他条款以及双方当事人的实际需求等因素。
   • 寻求法律帮助：如果双方无法就仲裁机构的指定达成一致意见，或者对仲裁条款的有效性存在争议，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助双方当事人解决争议。

总结来说，借款合同未明确指定哪家仲裁机构，并不直接导致仲裁条款无效，但可能给仲裁的顺利进行带来障碍。因此，在签订借款合同时，应尽可能明确指定仲裁机构，以避免不必要的法律争议和程序。如果已经存在此类问题，双方当事人应积极协商解决，或寻求专业律师的帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。