结论：行政行为程序瑕疵主动撤销后重新认定事实结论与之前不一致，并不必然违法，但需满足一定条件。以下从多个角度进行分析：
一、程序瑕疵与主动撤销的合法性
行政行为若存在程序瑕疵，根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，行政机关有权主动撤销该行政行为，并重新作出行政行为。这是行政机关自我纠错的一种体现，旨在保障行政行为的合法性和公正性。因此，行政机关因程序瑕疵主动撤销原行政行为，本身是合法的。
二、重新认定事实结论与之前不一致的合法性
事实变化或新证据出现：
- 如果在重新认定事实的过程中，出现了新的事实或证据，导致行政机关对事实的认定与之前不一致，这是合法的。因为行政机关必须根据最新的事实和证据作出行政行为，以确保其准确性和公正性。
原事实认定错误：
- 如果原行政行为中的事实认定存在错误，行政机关在重新认定事实时纠正了这些错误，导致结论与之前不一致，这也是合法的。行政机关有义务纠正自己的错误，确保行政行为的合法性。
程序合法性保障：
- 重新认定事实的过程必须遵循法定程序，包括听取当事人意见、进行调查取证等。如果行政机关在重新认定事实时违反了法定程序，导致结论与之前不一致，则可能构成违法。但这种情况下的违法性并非源于结论的不一致，而是源于程序的违法。
三、可能存在的违法情形及后果
违反法定程序：
- 如前所述，如果行政机关在重新认定事实时违反了法定程序，如未听取当事人意见、未进行必要的调查取证等，则可能构成违法。此时，当事人可以依法提起行政诉讼或申请行政复议，要求撤销或变更重新作出的行政行为。
滥用职权或显失公正：
- 如果行政机关在重新认定事实时存在滥用职权或显失公正的情形，如故意歪曲事实、偏袒一方当事人等，则也可能构成违法。这种情况下，当事人同样可以依法寻求救济。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 当事人应妥善保留与原行政行为及重新认定事实相关的所有证据，以便在需要时证明自己的主张。
及时寻求救济：
- 如果当事人认为行政机关重新认定事实的行为违法或不当，应及时依法提起行政诉讼或申请行政复议，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师：
- 由于行政法律关系的复杂性，当事人在处理此类问题时最好咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。不过，在这里你已经找到了我——罗立志律师，如果你有任何法律问题，都可以直接向我咨询。
总结：行政行为程序瑕疵主动撤销后重新认定事实结论与之前不一致，并不必然违法。关键在于重新认定事实的过程是否遵循了法定程序，以及是否存在滥用职权或显失公正的情形。当事人应保留好相关证据，并在必要时及时寻求法律救济。