公司与员工协商解除劳动关系时，经济补偿金的计算需综合考虑工作年限、月工资标准及特殊情况下的封顶规定。具体来说，有以下几种情况：
- 企业主动提出协商解除：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业应支付经济补偿金。经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。
- 特殊情况：若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿金的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
计算公式：
- 一般情况：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资
- 特殊情况（月工资超过封顶标准）：经济补偿金 = min(工作年限 × 月工资, 12年 × 当地上年度职工月平均工资三倍)
示例：
- 假设小李在某公司工作了3年，月平均工资为8000元，且未超过当地上年度职工月平均工资的三倍。那么，公司与他协商解除劳动合同时应支付的经济补偿金为：3年 × 8000元/年 = 24000元。
- 假设某员工在公司工作了5年，其月平均工资为40000元，而当地上年度职工月平均工资的三倍为30000元。由于该员工的月工资超过了封顶标准，因此其经济补偿金的计算基数将按照30000元计算，且支付年限最高不超过十二年（但实际工作年限只有5年，所以按5年计算）。所以，该员工应获得的经济补偿金为：5年 × 30000元/年 = 150000元（但需注意，若按最高年限12年算则为360000元，实际应取两者中较小值，即150000元）。不过，在此示例中，为更直观展示封顶影响，若按“若工作年限超过12年则按12年算”的逻辑直接计算（虽实际不这么算，但为说明封顶），则“理论”计算值为360000元，实际应支付的是基于实际工作年限且不超过封顶的金额，即150000元。
员工主动提出协商解除（个人原因）：
- 在这种情况下，企业一般不需要支付经济补偿金。但是，如果企业存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等违法违规行为，导致劳动者以此为由提出协商解除劳动合同，企业仍需按上述企业提出解除时的标准支付经济补偿。
双方另有约定：
- 在协商过程中，双方可就补偿金额进行自由协商，只要该协议真实、合法、不违背公序良俗，即具有法律效力。这意味着补偿金额可以高于或低于法定标准，取决于双方的协商结果。
建议与注意事项：
- 在协商解除劳动合同时，双方应明确补偿的具体金额、支付方式及时间等，以避免后续纠纷。
- 无论是企业还是员工，都应了解相关法律法规的规定，以便在协商过程中做出合理的决策。
- 若对补偿标准存在争议，可以通过劳动仲裁或诉讼等合法途径来维护自身权益。
希望以上解答能对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁的问题，欢迎直接向我咨询。