公司对第三方施工单位违章行为罚款的合法性，需分情况讨论：

1. 公司无行政处罚权的情况：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚权由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施，或者由法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织在授权范围内实施。公司作为民事主体，并不具备行政处罚权，因此，一般情况下，公司无权对第三方施工单位进行罚款。
   • 法律后果：如果公司擅自对第三方施工单位进行罚款，可能构成违法行为，第三方施工单位有权拒绝缴纳罚款，并可以向相关部门投诉或寻求法律救济。

2. 公司基于合同约定进行罚款的情况：

   • 法律背景：如果公司与第三方施工单位在合同中明确约定了违章行为的罚款条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么公司有权依据合同约定对第三方施工单位进行罚款。这种罚款实质上是一种违约责任，是合同双方自愿约定的结果。
   • 法律建议：公司在制定合同罚款条款时，应明确罚款的具体情形、罚款金额或计算方式、罚款的支付方式和期限等，以确保条款的明确性和可操作性。同时，罚款金额应合理，不得过分高于实际损失，否则可能被认定为无效。
   • 示例：假设公司与第三方施工单位在合同中约定：“如施工单位在施工过程中违反安全规定，每次罚款5000元。”若施工单位确实存在违章行为，公司有权依据合同约定要求其支付5000元罚款。

3. 公司基于行业惯例或内部规定进行罚款的情况：

   • 法律分析：行业惯例或内部规定通常不能作为罚款的合法依据。除非这些惯例或规定已经转化为合同条款，或者得到了相关法律法规的认可，否则公司无权仅凭行业惯例或内部规定对第三方施工单位进行罚款。
   • 法律建议：公司应避免仅凭行业惯例或内部规定进行罚款，而应通过合同约定或寻求法律救济的方式来维护自身权益。

总结与建议：

• 公司对第三方施工单位违章行为罚款的合法性取决于罚款的依据和性质。如果公司无行政处罚权且未在合同中约定罚款条款，则无权进行罚款。
• 如果公司希望在第三方施工单位违章时进行一定的经济制裁，应在合同中明确约定罚款条款，并确保条款的合法性和合理性。
• 在实际操作中，公司应谨慎行使罚款权，避免引发不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。