公司对分包公司违章罚款的合法性需分情况讨论，核心判断依据在于公司是否具备法定处罚权及合同约定是否有效，具体分析如下：

1. 若公司无行政处罚权且合同未约定罚款条款，则罚款行为不合法
   根据《行政处罚法》第十七条，行政处罚权由行政机关或法律授权的组织行使，企业作为民事主体无权设定行政处罚。若公司与分包公司的合同中未明确约定“违章罚款”条款，或约定条款违反法律强制性规定（如罚款金额过高、处罚程序不合法），则公司单方罚款缺乏法律依据，分包公司有权拒绝支付并可主张合同条款无效。

2. 若合同明确约定罚款条款且符合民事法律规范，则罚款行为可能合法
   根据《民法典》第五百八十五条，当事人可约定一方违约时向对方支付违约金。若公司与分包公司在合同中明确约定“因分包公司违章导致公司损失的，公司有权按约定标准扣除款项”（即“违约金”性质），且罚款金额未超过实际损失的30%（参照《民法典》司法解释对违约金过高的调整标准），则该条款可能被认定为有效。但需注意：

   • 罚款需以“实际损失”为前提，公司需举证证明分包公司违章行为与其损失的因果关系；
     
   • 罚款金额需合理，若明显高于实际损失，分包公司可请求法院或仲裁机构予以调减。

3. 特殊情形：行业惯例或总包合同授权下的罚款
   在建筑、工程等领域，若总包合同中明确授权发包方对分包方进行罚款（如“安全文明施工罚款”），且分包公司在签署合同时未提出异议，则该授权可能被认定为有效。但此类条款仍需符合《民法典》关于违约金的规定，即不得滥用权利损害分包公司合法权益。

建议：

• 对公司而言，若需对分包公司进行经济约束，应在合同中明确约定“违约金”条款而非“罚款”，并合理设定金额及适用情形；
  
• 对分包公司而言，若遭遇不合理罚款，可要求公司出具损失证明，或通过诉讼/仲裁主张调整违约金金额。
  

如有具体合同条款或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。